薄层定量工作最初是通过目视法或测面积法，对薄层上分离的斑点与标准品比较进行含量估计，但由于方法粗糙，可引起很大误差。后来将斑点定量收集后，结合比色法或紫外分光光度法等进行定量，虽然准确度有所提高，但操作复杂，工作效率低。因此多年来薄层色谱法只能停留在分离鉴定和半定量的水平。70 年代后各国学者结合薄层色谱法的特点相继设计出各种型号的薄层色谱仪，使薄层定量工作进入了仪器化、自动化的阶段，从而使薄层色谱法成为微量、快速定量分析的有力手段。薄层色谱扫描仪的主要用途有：
a ．定性-光谱测定
在薄层上被分离的斑点，除用Rf 值及斑点本身的颜色特征、荧光或与特殊显色剂显色后进行该化合物的定性外，还可以用薄层色谱仪在波长200～800nm 间进行斑点的原位扫描，测得该化合物的吸收曲线及{zd0}吸收， | | | | | | 并与对照品比较从而对样品中该成分进一步确证。
b ．定量-色谱测定
被分离的物质斑点在薄层扫描仪上用合适的测定参数进行扫描，可得到斑点的面积值与已知量的对照品斑点的面积相比较，可以计算出样品中被分离物质的含量，有些薄层色谱仪可以自动给出被测物质的浓度或百分含量。
应用薄层色谱仪定量的方法有：
（a）外标法
定量时同时在板上点上已知浓度的标准品溶液。可分为1 点法和2 点法，当工作曲线是通过原点的直线时，选用一种浓度的标准品-一点法；当工作曲线不通过原点时，选用两种浓度的标准品-二点法。两种方法的校正不仅可以对一个标准品斑点，还可以对两个或四个同样量的标准品斑点的测得值进行平均后计算。下图为外标一点法和二点法的工作曲线。外标法是薄层扫描时最常用的定量方法。
（b）内标法
本法与外标法的主要区别在于用内标法时面积累计值为被测样品和内标物的面积之比，在被测溶液中加入一种在被测液中不存在的性质与被测定物质类似又易与被测物很易分离的纯物质。因此内标物的选择比较困难，所以外标法是更为常用的定量方法。内标法也分为一点法与二点法，选择哪一种方法的原则与外标法相同。
（c）归一化法
因为组分的含量与其斑点面积成正比，对于含n 个组分的混合物中组分1 的含量应服从下式：
组分1 的百分浓度等于它的斑点面积在总斑点面积中所占的百分比。当然只有在被分析各组分的性质差别较小以及斑点面积在线性范围内的情况下才适用。
