一般常用的样品基底有：石墨，云母，硅片，GaAs和多晶蓝宝石等。
石墨，由于其表面有台阶，不算太平整，所以除了用于STM之外，一般用得不多，
云母，最常用的AFM基底，用于其为层状解离结构，剥离一层之后，可以很容易的或得具有原子级平整度的新鲜表面。
硅片，一般为单晶硅的某个某个晶面（可能是(111)或（110）记不清楚了。）。
GaAs和多晶蓝宝石一般为表面光学抛光的，也非常平。
对于硅片与云母的区别：
1.云母为一次性使用的，而硅片可以清洗多次使用。
2.由于硅片为重复使用的，经常清洗，所以其表面平整度和洁净程度不如云母片。
3.云母为亲水性的，而硅片为疏水性的。所以制样时也应该根据分散剂的性质来选择基底。如用水作为分散剂的时候，尽量选择云母片，这样有利于样品在基底上的分散。
4.云母的表面为负电性的，当样品为表面正电性的时候，需要对云母进行表面改性，才能很好的将样品固定在云母片上。因为平时不用硅片，所以对硅片的表面电性不清楚。
