根据《国家税务总局关于印发出口货物退（免）税管理办法（试行）的通知》（国税发〔2005〕51号）明确指出，出口商应在规定期限内，收齐出口货物退（免）税所需的有关单证，使用国家税务总局认可的出口货物退（免）税电子申报系统生成电子申报数据，如实填写出口货物退（免）税申报表，向税务机关申报办理出口货物退（免）税手续。该通知还要求税务机关须对出口收汇核销单进行审核，即出口收汇核销单的编号、核销金额、出口商名称应当与对应的出口货物报关单上注明的批准文号、离岸价、出口商名称匹配。
可见，如果公司取得的预付货款不能代替出口收汇核销单，申请部分退税不符合税法规定。不过，《国家税务总局关于出口企业延期提供出口收汇核销单有关问题的通知》（国税函〔2010〕89号）规定，对出口企业受2008年以来国际金融危机影响，逾期取得出口收汇核销单的，税务机关可在对出口企业其他退税单证、信息审核无误后予以办理出口货物退（免）税。试行申报出口退税免予提供纸质出口收汇核销单的出口企业，因网上核销系统、信息传输等原因致使出口企业逾期收汇核销的，税务机关经审核无误后可按有关规定办理出口货物退（免）税。该公司可据此规定，及时收齐除出口收汇核销单外的其他退税单证，申请办理出口退（免）税。 |
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