两岸签署ECFA之后，对两方有利有弊。在利的方面，大陆商务部分析，关税减让有助大陆GDP提高0.36至0.67个百分点。台经济部门指出，ECFA预估可让台湾经济成长率增加1.65至1.72个百分点。另据“中华经济研究院”评估结果，台湾实质GDP将增加1.83个百分点，总就业人数将可望净增加25.7万人至26.3万人。
签订ECFA后，“中华经济研究院”评估台湾的塑化、机械、纺织、石油、煤制品及钢铁业等产业将受惠，遭到负面冲击产业包括电机及电子产品、木材、蔬菜水果及其它运输工具。不过，台湾经济部门的研究报告却认为，有关电子业受负面冲击的结果并不全然正确。 另据台湾“全国工业总会”调查显示，包括石化产品共143种台湾产品行业愿与大陆同时降为零关税，只有包括陶瓷、毛巾、制鞋、家电、冷冻空调、印刷电路板、合板等37项类别则认为应维持现有关税，这显示ECFA对台湾产业界确实有利有弊，但总体而言，利大于弊。针对负面冲击部分，马英九当局已经积极做好了相关准备，包括编列950亿元预算来协助因应等。
根据大陆商务部门研究报告，大陆一些产业也会遭到冲击。从具体产业看，大陆22个产业部门中，两岸贸易自由化将提高13个产业的产出水平，其它9个行业的产出将小幅下降，主要包括食品、纺织品、纸制品和印刷品、化工、林产品等产业。
