但是这种情况不可能发生在人身上。这有几方面的原因。我们在吃食物时一般是要加热、煮熟才吃的，Bt蛋白是一种蛋白质，蛋白质加热后会变性，实验表明，Bt蛋白在60摄氏度的水中煮一分钟就失去活性。即使是生吃也没有关系，Bt蛋白只有在昆虫肠道碱性环境下才能加工成有毒的蛋白，而人的胃环境是酸性的，并且人的肠道细胞表面不含有毒素蛋白的受体，因此不会中毒。被人吃下去的Bt蛋白，会像其他蛋白质一样被消化、分解掉。
美国使用Bt蛋白做为生物农药已有几十年的历史，大面积种植含Bt基因的抗虫害转基因作物也已有十几年的历史，迄今未发现一例人畜因吃这种作物中毒的。用老鼠和绵羊做的实验也表明吃Bt蛋白不会影响哺乳动物的身体健康。此外，获批准的这种抗虫害转基因水稻，Bt蛋白主要出现在茎、叶中，胚乳（人食用的部分）中几乎没有，即使对Bt蛋白的安全性有疑虑，也可放心食用。
至于要求对转基因食品像药品一样做人体试验，甚至做几十年的人体试验再上市，这是不可行的，因为食品与药品不同，我们每天都要在各种场合吃进大量的各种食品，不可能长期对试验者的进食做出严格的控制，也不可能有明确的判定指标，因此也就不可能像在病人身上测试某种特定药品那样去测试某种食品的安全性。没有哪一个国家要求食品在上市前需要先做人体试验，更合理的要求是做生化检测和动物实验评估其安全性。转基因食品在上市之前都被要求做这些检测，反而是杂交水稻等非转基因食品往往未经安全性检测就上市了。从这个意义上说，转基因食品也比非转基因食品xxx。
国内媒体在报道抗虫害转基因水稻获得安全证书时，往往称之为“世界上首次批准转基因主粮的商业化种植”。这个说法非常不准确。首先，获得安全证书之后还需要经过品种审批等阶段才能获得商业化种植。其次，三大主粮——玉米、小麦、大米——的转基因品种在美国都获得了安全证书，有两种进行了商业化种植：美国大规模种植转基因玉米已有14年的历史，美国玉米的80％以上是转基因玉米。美国已批准6个转基因水稻的商业化种植。只有转基因小麦在获得安全证书后没有在美国种植，不是因为美国政府不批准，而是因为现有的抗除草剂和抗虫害转基因小麦都不具有太大的优势（对小麦而言，杂草和虫害都不是太大的问题，影响小麦产量的主要是病害、干旱、寒冷等因素），研发它的孟山都公司自己撤回了种植申请，而致力于研发抗病害、抗旱等具有更大优势的转基因小麦。
还有人说，在美国种植的转基因玉米都是当饲料用的，不是供人吃的。这也是谣传。在美国获准上市的转基因玉米品种大部分是以可供人安全食用的标准获得美国食品药品监督管理局的批准上市的，被大量地用来生产玉米粉、玉米片和上千种食品。只有一种抗虫害转基因玉米因为制造的抗虫蛋白不那么容易消化，为慎重起见，美国管理部门规定它只能用来做饲料（其他的抗虫害转基因玉米则能供人食用）。2000年发现它被快餐店用于制作玉米片、炸玉米卷，引起全国性回收，商家损失惨重，曾经轰动一时。有28个人声称吃了这种转基因食品出现过敏反应。但是美国疾病控制中心对这些人xx化验，认为他们的声称没有证据。对声称者进行有安慰剂对照的双盲试验，结果也否定了该转基因食品能引起过敏。也就是说，即使是被批准只供做饲料用的转基因品种，实际上对人体也无害。转基因食品在全球范围内已被几十亿人食用了十几年，未发现因此过敏或出现其他不良反应的案例。
推广抗虫害转基因作物的主要目的，是为了大量地减少杀虫剂的使用，从而减少农药对环境的污染和食品中的农药残留。有人反驳称，“美国农业部”的数据表明种植转基因作物反而增加了农药的使用。实际上，他们引用的数据来自美国一家反对生物技术、提倡有机食品的民间组织“有机食品中心”（Organic
Food
Center）在2009年11月发布的报告，而且指的是种植抗除草剂转基因作物增加了除草剂的用量。即使是这份由反对转基因的人士发布的报告，也不得不承认，从1996年到2008年，由于种植抗虫害转基因作物，美国减少了杀虫剂的使用达6400万磅。
该报告关于“种植抗除草剂转基因作物增加了除草剂的使用”的结论，也被认为是根据不可靠的数据和不准确的假设得出的错误结论。英国咨询公司PG
Economics在2009年10月发布的报告认为，1996～2007年年间，种植抗除草剂转基因大豆、玉米和棉花分别减少除草剂的使用4.6％、6.0％和15.1％。
其实，种植抗除草剂转基因作物的主要好处倒不在于减少除草剂的使用量，而在于可因此使用低毒广谱除草剂草甘膦，该除草剂公认对人体健康无害。而“xx”作物则往往要用几种较有针对性、毒性较强的除草剂。如果不用除草剂，靠耕耘除草，不仅费时费力，还耗费燃料，引起水土流失，反而破坏环境。
有一种反对转基因作物的意见是，用转基因技术抗虫害只能有暂时的效果，从长远看会适得其反，因为在自然选择的作用下，害虫会逐渐产生对毒性蛋白的抵抗能力，出现所谓“超级害虫”。这的确是个值得认真对待的问题。美国环境保护局规定，在种植抗虫害转基因作物的田地周围，必须保留一块专门种植普通作物，让害虫有个避难所。这样，那些能够抵抗毒性蛋白的突变将会被稀释掉，超级害虫也就不会进化出来。大约有90％的抗虫害转基因玉米和棉花的种植者都遵守了这个规定。抗虫害作物已大面积推广十几年来，还没发现有超级害虫出现。但是这种局面是否能够长久保持下去？有些专家认为应该有更大、更多的“避难所”，但农民一般不愿意增加这方面的损失，在发展中国家更难以确实实施。关键还是如何通过科普教育，让农民理解这个问题的重要性。
“超级害虫”只是一种很不准确的比喻说法，只是说它能够抵抗某种特定的毒素，并不是说它是一种能够抵抗所有毒素、农药，生命力特别强、危害特别大的超级怪物。所以，即使出现了“超级害虫”，那也不过意味着本来要用来抵抗它的那种转基因作物失效而已，并不是什么大灾难。我们可以另外再转入别的毒素基因去消灭它。
有一种说法称，种植转基因作物无法留种，是种子公司剥削农民的阴谋。其实，给作物转入抗虫害、抗除草剂、抗病害等基因是不会影响作物的繁殖能力的。当然，也可以转入某些特殊的基因让作物种子失去繁殖能力，这种所谓“终结子技术”虽然已被开发出来，但是并没有获得应用。那么为什么转基因作物的种子往往也无法留种呢？这是因为它们用了杂交的品种，没有留种是杂交导致的，和转基因没有关系。非转基因的杂交水稻、杂交玉米同样也没法留种，农民并不觉得这是什么可怕的事。
总之，目前已经上市的转基因食品都经过了理论论证和实验验证，都是安全的，没有经得起推敲的理由和证据可以怀疑它们的安全性。即使从长远来看，也是如此。人们对转基因食品的恐惧，主要是由于不了解转基因技术。还有一个原因是不了解科学方法。例如，有人要求证明转基因食品{jd1}没有隐患才能上市，这是不可能的，没有人能够证明任何食品{jd1}没有隐患。像一切技术，转基因技术用不好当然也可能出问题，也可能出现意外，但是我们不能由于有这种顾虑就认定它有害而否定它。
