①片面强调湿地的处理效率而减少湿地系统的占地面积，造成系统在冬季运行时由于低温的影响，植物和微生物的活性大大降低而使出水水质恶化，严重时湿地系统会有一股明显的臭味，对工作环境影响比较大。
②片面的强调低运行费用，而忽视了预处理部分的设计，使进入湿地系统污染负荷和悬浮物超出湿地系统的处理能力，造成的结果就是湿地内填料层的淤塞，使湿地表面产生积水，影响湿地系统的感官效果；同时降低了实际水力停留时间，使湿地系统的处理效果大大降低，缩短了湿地系统的使用寿命，一般使用寿命不超过10年；淤塞严重时，3~5年就造成湿地处理系统报废。
③湿地系统的出水悬浮物有时会严重超标，特别是运行一年以上的人工湿地在冬季很容易出现这种情况。原因是湿地填料层内微生物大量死亡以生物膜的形式排出湿地系统的缘故。
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