绿眼虫前端有一鞭毛，常作螺旋运动。鞭毛由胞咽经胞口通出，是由细胞质伸展形成极细小的丝状构造。在电镜下观察，每一条鞭毛由两部分组成：一是游离在胞体表面的部分称鞭毛；另一部分深入细胞质的称基体。鞭毛的横切面，外周是细胞膜，膜内具有二组微管结构的小纤维，即外围小纤维及中央小纤维。外围小纤维共9条，每条小纤维由2条亚纤维组成。中央小纤维由中央鞘包围。

　　鞭毛基体为桶形构造，外无细胞膜，由9个三联体的微管排成一圈，无中央微管。微管由蛋白质大分子组成，与横纹肌内的肌动蛋白、肌球蛋白相似，微管的收缩可引起整个鞭毛（或纤毛）的运动。

　　（一）鞭毛 为本纲动物最主要的特征，鞭毛不仅是运动胞器，而且还具有感觉及帮助摄食作用。不同种类的鞭毛数目和着生方式等不一。

　　（二）营养方式 因种类的不同，鞭毛虫纲具有原生动物三种营养类型。

　　（三）生殖 无性生殖为二分纵裂，如绿眼虫。夜光虫能行出芽生殖。有性生殖为同配生殖，如衣滴虫。异配生殖，如团藻虫等。

　　（一）植鞭亚纲（Phyfomastigina）一般具有色素体，能进行光合作用，营植物性营养。自由生活在淡水或海水中，种类繁多，形状各异，眼虫即隶属本亚纲。

　　本亚纲有些种类能形成群体，生殖方式有：无性生殖为二纵裂；有性生殖有同配和异配生殖。群体鞭毛虫有盘藻，一般由4—16个细胞组成，排列在一个平面上，成盘状的群体。每个个体有两根鞭毛，有色素体，并能独立地进行光合作用和繁殖后代。此外，还有16个细胞组成的实球藻和由32个细胞组成的空球藻，它们的每个细胞都有相对的独立性。杂球藻由36—128个细胞组成，而团藻的细胞可多达5万，这些种类呈空心圆球形，每个个体排列在球的表面，彼此有原生质桥相连。细胞个体间有分化；大部分个体为营养个体，无繁殖能力，少数个体为生殖个体，异配（精卵）结合成合子，进一步发育为新群体。

　　大多数植鞭毛虫是浮游植物的组成部分，是鱼类的饵料，又能净化水质，有益于人类，但大量繁殖，则将引起危害，如常见腰鞭毛目中的夜光虫，虫体呈圆球状，能发鳞光，大量繁殖时，可引起海水变色变质，称赤潮。引起赤潮的原因是有机物的污染。除夜光虫外，还有沟腰鞭毛虫和裸甲腰鞭虫等，都能引起赤潮，导致大面积海域水质变坏，鱼虾类大量死亡。淡水中生活的钟罩虫，合尾滴虫等，大量繁殖时，形成水花，死后可污染水源，影响人类健康。目前人类赖以生存的环境面临严重恶化的挑战。我国于1979年9月13日公布《环境保护法》，要求每个公民要爱护与保护环境，造福后代。

　　（二）动鞭亚纲（Zoomastigina）无色素体，动物性营养，不少寄生种类对人畜有害。自由生活种类中的有领鞭毛虫（Choanoflagellates），有一瓶状原生质的结构，围绕单一鞭毛的基部，其结构与海绵动物领细胞类似，有收缩能力，借以捕捉食物。另外，还有群体生活的原绵虫（Proterospongia）；其外围为领细胞，内为变形细胞；埋在胶质中。这些种类与海绵动物的亲缘关系较近。变形鞭毛虫（Mastigamoeba）既有鞭毛，又有伪足，这显示出鞭毛类与肉足类有一定的亲缘关系。寄生种类：

　　杜氏利什曼原虫（Leismania don-orani）是小型的鞭毛虫，寄生于人体的肝、脾、淋巴腺等细胞内，被寄生者即感染为黑热病，患者发热，肝、脾肿大，贫血。死亡率达90％以上，是我国五大寄生虫病之一。

　　锥虫（Trypanosoma）寄生于脊椎动物体的组织中，隶属本属的各个种，其形态均甚相似，虫体细长，鞭毛自基体发出，沿虫体伸向前方，并与细胞质形成波动膜。流行于非洲的冈比锥虫，寄生于人脑脊髓液中，使人患睡眠病。我国有寄生于家畜中的锥虫，危害牛、马、骆驼等大家畜。青鱼锥体虫（T．mylopharyngodoni）和鳙鱼锥体虫（T．aristichthysi）常大量寄生青、鳙鱼的血液中，但病症表现不明显。

　　常见寄生鱼体的鞭毛虫如鳃隐鞭毛虫（Cryptobia branchialis），多寄生鲤科鱼类的鳃、皮肤、鼻腔，虫体长梭形，有二根鞭毛，一根向前，称前鞭毛，一根向后与体表成一波动膜，并伸出体后为后鞭毛，后鞭毛插入鱼鳃瓣间，破坏鳃表皮细胞，刺激组织分泌粘液，使鱼呼吸困难，以致死亡。还有飘游鱼波豆虫（Ichthyobodo necator）体扁梨形，有两根后鞭毛，有些个体还可见两根短鞭毛。寄生于淡水幼鱼的皮肤、鳃上，危害性较严重。预防方法：在放养鱼苗、鱼种前，要搞好清塘，同时要选择优良鱼种，一旦发病，可用硫酸铜与硫酸亚铁全池遍洒。