藻类的发生：
虽然藻类的种类不同，吸收养分的型态有所差异，但大多数的原因都一样。
藻类的发生通常是因为阿摩尼亚、亚硝酸、久未换水的硝酸盐、
饲料投放过多的磷或水源含磷太高、水中藻类孢子未去除，造成藻类生长繁殖。
在此提供一个简易的目测辨别方法：
当藻类发生后，藻类的颜色多为绿色、褐色、深褐色、黑色，而藻类的颜色越深，
则表示水质的污染程度越高，因此藻类颜色的深度与水质污染严重度成正比。
以下提供一些常见藻类的发生原因及防治方法：
硅藻
一般又称糊藻，呈茶褐色，在设缸初期最容易发生的藻类有两个种类，
一种是附着在流木或岩石上，一种是像昆布状浮游于水中，此种藻类在水质稳定后，通常会自然消失。
发生原因
a.设缸时底砂未洗净（种植水草多使用硅砂，而硅砂表层有油膜及使用前之硅砂因干燥氧化的石灰质，
腐败有机物，这也是硅藻发生的主因，尤其冬天设缸时最容易发生）。
b.设缸初期过滤系统尚未健全(有益微生物还未能正常生长繁殖)。
c.水中硝酸盐类过高所致。
d.水中有机物分解不xx。
e.光线太弱。
发生后处理方式
a.附着在岩石或流木的部份，以小精灵除去。
b.其它以藻虾除去即可。
c.配置适当光量。
＊如果状况非常严重时，先将鱼虾捞走，照明关闭，加强二氧化碳的添加量（二十四小时添加），
三天后藻类就会消失，在此期间每天都需清洗过滤器及滤材，水面的油膜要去除（可用油膜去除器或吸油纸去除）。
毛藻
呈刷子状，有绿色、褐色、灰色、黑色等各种颜色，通常会长在石头、流木或是老叶子的叶缘，
在水中摇晃的样子是非常碍眼的藻类。
发生原因
a.最主要发生原因是磷的含量太高（使用含磷之水源，或者饲料投放太多而沉淀至底床）。
b.不常换水。
c.光照充足，但二氧化碳量不足。
d.新设缸五至十天未经常换水（二至三天换一次水），在阿摩尼亚、亚硝酸生成，
水草停止生长的状态下（水草未能吸收养分），基肥释出至水中，未做换水工作，添加液肥。（此乃各种藻类的起因）
发生后处理方式
a. 以手或其它工具拔除附于流木及石头的藻类。
b. 将所被附着的叶子剪去。
c. 在上述两步骤将大部分藻类除去后，再放入较多的藻虾及食藻类的鱼，除去所剩藻类。
d. 在此时不可投放饲料。
须状藻
比毛藻长且粗，通常附着于老叶子的叶缘或鱼缸玻璃面，呈卷曲状，喜好较亮的地方。
发生原因
a. 饲料喂食过量，残饵过多造成硝酸盐太高。
b. 不常换水。 发生后处理方式此藻类发生后，即使放入除藻生物效果亦不彰，因此仅能以手指拔除，或将较严重的叶片摘除。
线状藻-又称丝状藻。
与水草的生长条件相同，如发丝般缠绕水草生长的藻类，如果长在墨丝或鹿角苔，将很难除去。
发生原因
a. 所供应给水草的条件超过水草所需(如光照量肥料等，或水草本身尚未正常生长。
b. 亚硝酸及磷的含量高。
发生后处理方式
a. 以牙刷将缠绕于水草的藻类除去。
b. 换水稀释水中亚硝酸及磷的含量（需检测水中含磷量，要低于0.5mg\L）。
蓝绿藻
深绿色，带有强烈霉臭味的藻类，虽然可以水管吸除，但因繁殖力极强很快，
又会将水草.、底砂或玻璃面覆盖住，是藻类中最讨厌的一种。
发生原因
a. 水草缸设立初期过滤系统尚未健全(尤其是系统内益菌未能正常繁殖发挥作用)。
b. 底床腐败（一为底砂未洗净，残留之有机质腐败造成；一为使用劣质底肥，而产生沼气）。
c. 残饵过多。
发生后处理方式
a. 此藻类无法以藻虾等生物方式除去，所以只能以细水管将藻类尽可能吸除，并频繁换水(每日换水量不要超过二分之一缸)。
b. 以虹吸管xx底床的污垢。
c. 要密植水草。
斑点状藻
通常是附着在玻璃面或硬叶水草的叶面(榕类最易发生)，但此种藻类繁殖速度不快。
发生原因
a. 光线(或光量)过强。
b. 养分过剩。
c. 浮游藻类附着（通常在清洗换水时，造成藻类浮游而产生）。
发生后处理方式
a. 在玻璃面的以压克力三角规刮除之后，将刮下之藻类以水管吸出(配合换水时进行，此时水流要关闭，不使藻类散开)。
b. 附着于叶片者将叶片剪去。 藻类的预防 藻类在发生以后，虽然有方法可以处理，但多旷日费时，又不一定可尽除，
对于栽种水草者的信心兴趣，会大打折扣，因此建议在发生前作有效的预防。
预防爆藻注意事项
a. 建立健全的过滤系统，滤材定期清理更换。
b. 定期换水(每周换水25%～30%)，换水前做水处理，除氯并用紫外线杀菌灯将藻类孢仔去除。
c. 在设缸初期过滤系统尚未建立之前(约二到三周内)，先不要急着放鱼。
d. 放养鱼只数量不可过多(灯科鱼以一公升水一条为基准)。
e. 喂食饲料量不可过多(饲料中含有大量的氮及磷，是藻类最喜欢的养份）。
f. 调整适当光源配置及光照量。
g .添加有机性适量肥料(一般化学性肥料添加于水中很容易离子化，肥效发挥快速，如果水草未能有效吸收利用，将成为藻类的养分)
h. 事先放养藻虾（两尺缸建议放养约三十只藻虾）、小精灵、青苔鼠、飞狐、黑茉莉(茶壶)等食藻生物将可有效抑制藻类
I. 密植水草，底砂不要暴露照到光线。
J. 靠近底床之老叶要修剪，以免附着藻类。
