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我国食用菌产业发展的方向主要体现在以下几个方面：促进栽培品种研发，提高产业发展后劲；提高初深加工能力，增加产业附加值；加强行业执行标准，确保食品质量安全，提高产品的国际竞争力；提高技术创新能力，促进产业发展；设立种质资源保护区，确保遗传基础丰度；开发科学宣传手段，提高全民对食用菌产业认识。
      一、促进栽培品种研发，提高产业发展后劲
      中国是世界上拥有食用菌品种最多的国家之一。目前，已有记载的食用菌品种数量为980多种，其中具有药用功效的品种有500种。至今，我国已人工驯化栽培和利用菌丝体发酵培养的达百种，其中栽培生产的有60多种，形成商业生产的有30多种。除了占食用菌主要市场份额的香菇、木耳、平菇、双孢菇、草菇、金针菇等10余个品种外，一系列的珍稀品种也相继驯化成功，如杏鲍菇、白灵菇、真姬菇、蛹虫草、大球盖菇、茶树菇、灰树花等已经在国内广泛栽培。
      但是，由于基础差，投入不足和种质资源匮乏，育种后劲明显不足，对野生食用菌种质资源的调查、采集、保藏和开发利用严重落后，造成育种的种质材料少，遗传背景过窄，难以选育出符合当今和未来市场需求的优良品种，而满足食用菌产业化、规模化生产的种类更是少之又少。
      二、提高初深加工能力，增加产业附加值
      随着食用菌产业的发展，食用菌产量增加，食用菌产品的初深加工技术和能力对提高产业附加值和产业的竞争力尤为重要。目前食用菌加工以初加工为主，深加工为辅。初加工包括干制品加工、盐浸品、糖浸品、膨化品，如低糖菇脯、冻干食用菌、食用菌罐头等，以及利用残菇和下脚料加工成的休闲食品或者即食食品等。深加工包括各种食用菌保健品、饮品、酒品、药品和化妆品等，如利用食用菌中具有疗效的成分，直接提取、加工成猴头菌片、安络痛、蜜环菌片、云香片，利用灵芝子实体和灵芝孢子粉制成灵芝制剂等。美容制品如银耳奶液、灵芝营养霜等。另外，还可以将食用菌培养废料加工成如菌糠饲料、菌肥、xx等。
      发展食用菌初深加工可以调节市场供应，有效缓解市场压力，提高产业的附加值，增加出口创汇能力。加工企业正在从对产品的初加工向深加工转型升级，还有部分企业已向高新科技领域发展，药用菌行业发展尤其值得关注。但是，从事该领域的人员队伍还不够庞大、技术和成果储备还有待加强。
      三、加强行业执行标准，确保食品质量安全，提高产品的国际竞争力
     21世纪以来，中国虽然被誉为食用菌{zd0}的生产国，其产量占全世界的70％，但是出口创汇能力还是比较差，并屡受“贸易壁垒”、环保、知识产权等“壁垒”。就食用菌而言，欧盟于2007年2月修改了xx剂“多菌灵”在新鲜食用菌中的残留限量标准，由原来的1ppm提高到0.1ppm。美国也于2008年1月1日起采用与欧盟相同的标准。“多菌灵”是发展中国家在园艺作物，特别是食用菌上广泛使用的高效、低毒xx剂。因此对中国的食用菌生产将产生极大的影响和冲击，为此我们需要进一步强化标准化生产，并推进从餐桌—产品—产地—农户的溯源体系，具体包括产地—投入品—菌种—栽培过程—产品—收购—加工—包装—贮存—运输—营销等方面形成配套的标准体系，以此约束生产者—技术员—加工者—销售者的行为，避免由于质量安全问题影响食用菌产业的发展和中国食用菌产业的国际声誉和贸易额。
      四、提高技术创新能力，促进产业发展
      食用菌产业是一个技术密集型产业，产业的发展需要以科技研究为先导，实现研究与应用的协同发展。食用菌产业的技术创新不仅要抓具体的环节，如生产环节的菌种开发、病虫害管理、生产设施创新、生产模式创新等，而且要将食用菌产业链条看作一个系统的工程来对待，用市场和产业化的眼光来做研究。
      促进实用小型机械的研发。中国的食用菌生产技术相对比较落后，集约化和组织化程度较低，以农户为单元的生产模式将在一定时期内成为主流。随着劳动力资源优势的丧失，新生代农民向城市转移的大趋势下，以及农村劳动力老龄化趋势的加快，为了满足产业发展，急需组织能工巧匠和研究力量，进行实用小型机械等劳动力替代技术的研发，以提高劳动生产力水平。
      加强生产设施改造。目前，食用菌生产使用的大棚，均来自于蔬菜生产。由于蔬菜生产与食用菌生产需要的条件不同，前者要形成有利于光合作用的温、光、二氧化碳等条件，而后者则需要有利于子实体生长的微光、温差、氧气等条件，因此，需要根据食用菌生产对大棚设施的功能进行技术改造。
      保护菌农健康技术研发。在食用菌生产的多个环节，都需要进行xx、xx，由于xx剂的大量重复使用，导致有些菌农出现皮肤过敏、呼吸道疾病等，严重影响生产者的身心健康。研究者在关心xx效果和生产环境安全的同时，也需要关心生产者的健康，即研究开发xxx、更健康的xx产品。
      五、设立种质资源保护区，确保遗传基础丰度
      食用菌种质是指食用菌的基因资源或遗传资源。为了食用菌产业永续发展，在规划过程中，除了要考虑产前、产中、产后的协调发展外，在推进主产区食用菌产业的规模发展同时，还要将食用菌种质资源保护区的建设与保护工作提到日程上来，确保食用菌产业发展的潜在创新能力。这里以云南为例，云南的野生食用菌，是全国最丰富的地区之一，也是全球生物多样性最丰富的十二个有代表性地区之一，为不同类型菌种的生长和繁殖提供了条件。为了保护食用菌种质资源，提高遗传基础丰度，需要尽快将其确立为食用菌种质资源保护区，并从立法的高度确定其战略地位。
      因为云南的物种极其丰富，如果在该地区大力发展食用菌产业，会加快传统地方品种被新培育品种取代，并使之加速灭绝，导致遗传基础变窄，并向一致性方向发展，降低新品种对流行病虫害潜在的遗传抵抗性。随着野生菌资源的减少，地方品种的淘汰，食用菌育种中遗传改良所需求的广泛的遗传基础也将缩小，并进一步降低新品种改良和创新能力。因此，需要从食用菌产业发展的总体要求，尽早建立食用菌种质资源保护区，确保遗传基础的丰度，提高食用菌产业的后续发展能力。
      六、开发科学宣传手段，提高全民对食用菌产业认识
      与传统种植业和养殖业相比，食用菌产业在中国是一个相对比较年轻的产业，随着市场经济的发展，满足种植结构调整需要，才出现了食用菌经营专业户、专业公司、专业合作社，架起了栽培与销售、生产者与消费者之间的桥梁，但是多数人对食用菌产品、产业还缺乏整体认识，需要开发科普宣传的方式，提高公众对食用菌产业从资源保护、产业比较优势、健康饮食、科学烹饪、生态经济、环境保护等方面的认识，形成需求导向的全民拉动和保护的产业发展社会大环境。