目前生物柴油大部分是用化学法生产，即用动物、植物油脂和甲醇或乙醇等低碳醇在碱性催化剂下，在高温下转醋化生成相应的甲醋或乙醋。但该法有以下缺点:工艺复杂，醇必须过量，后续必须有相应的醇回收装置；能耗高，色泽深；醋化产物难以回收，成本高;生成过程有废碱液排放。此外，对原料有选择性。国外的原料是大豆菜籽，而中国主要是地沟油这种低挡油脂，对生产的影响很大,而且在化学法生产方面，中国不具有优势。
为解决上述问题，北京化工大学研究出生物酶法合成生物柴油，即动植物油脂和低碳醇通过脂肪酶进行转醋化反应，制备相应的脂肪酸甲醋及乙醋。酶法合成生物柴油具有条件温和、醇用量小，无污染物排放，对原料没有选择性等优点。但目前由于低碳醇对酶有毒性、致使酶法转化率很低，而且酶失活严重。同时，生物酶制剂，比碱成本高。怎么降低成本，或者是延长使用时间都是尚待解决的问题。
第三种生产工艺是超临界法。这种方法以石科院的研究为代表。超临界制备法工艺流程简单，产品收率高，简化了产品的后续处理过程，降低了生产成本。但是由于超临界制备生物柴油的方法需要在高温高压条件下进行，导致较高的生产费用和能量消耗，使得工业化困难，需要进一步研究开发。和上述两种方法相比，超临界法的设备复杂，投资大。
至于生物柴油企业应当选择哪种生产工艺呢？北京化工大学副校长谭天伟认为：针对不同的原料对象、不同的客户、不同的需要,不同的方法各有千秋，企业可以具体斟酌。
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