Northern杂交用于分析RNA； Southern杂交用于分析DNA； Western杂交用于分析蛋白质。 Sorthern 杂交 　　将待检测的DNA样品固定在固相载体上，与标记的核酸探针进行杂交，在与探针有同源序列的固相DNA的位置上显示出杂交信号。通过Southern杂交可以判断被检测的DNA样品中是否有与探针同源的片段以及该片段的长度。 northern印迹杂交 　　Northern印迹杂交（Northern blot）。这是一种将RNA从琼脂糖凝胶中转印到硝酸纤维素膜上的方法。DNA印迹技术由Southern于1975年创建，称为Southern印迹技术，RNA印迹技术正好与DNA相对应，故被称为Northern印迹杂交，与此原理相似的蛋白质印迹技术则被称为Western blot。Northern 印迹杂交的RNA吸印与Southern印迹杂交的DNA吸印方法类似，只是在进样前用甲基氢氧化银、乙二醛或甲醛使RNA变性，而不用NaOH，因为它会水解RNA的2'-羟基基团。RNA变性后有利于在转印过程中与硝酸纤维素膜结合，它同样可在高盐中进行转印，但在烘烤前与膜结合得并不牢固，所以在转印后用低盐缓冲液洗脱，否则RNA会被洗脱。在胶中不能加EB，因为它会影响RNA与硝酸纤维素膜的结合。为测定片段大小，可在同一块胶上加分子量标记物一同电泳，之后将标记物切下、上色、照相，样品胶则进行Northern转印。标记物胶上色的方法是在暗室中将其浸在含5μg/ml 　　EB的0.1mol/L醋酸铵中10min，光在水中就可脱色，在紫外光下用一次成像相机拍照时，上色的RNA胶要尽可能少接触紫外光，若接触太多或在白炽灯下暴露过久，会使RNA信号降低。琼脂糖凝胶中分离功能完整的mRNA时，甲基氢氧化银是一种强力、可逆变性剂，但是有毒，因而许多人喜用甲醛作为变性剂。所有操作均应避免RNase的污染。 　　RNA甲醛凝胶电泳和吸印方法。 　　<1>试剂： 　　10×MSE缓冲液：0.2mol/L吗啉代丙烷磺酸（MOPS），pH7.0，50mmol/L醋酸钠，1mmol/L EDTA pH8.0。 　　5×载样缓冲液：50%甘油，1mmol/L EDTA，0.4%溴酚蓝。 　　甲醛：用水配成37%浓度（12.3mol/L），应在通风柜中操作，pH高于4.0。 　　20×SSC； 　　去离子甲酰胺； 　　50mmol/L NaOH(含10mmol/L NaCl)； 　　0.1mol/L Tris，pH7.5。 　　<2>步骤： 　　[1]40ml水中加7g琼脂糖，煮沸溶解，冷却到60℃，加7ml10×MSE缓冲液，11.5ml 　　甲醛，加水定容至70ml，混匀后倒入盛胶槽。 　　[2]等胶凝固后，去掉梳子和胶布，将盛胶槽放入1×MSE缓冲液的电泳槽。 　　[3]使RNA变性（最多20μg），RNA4.5ml,10×MSE缓冲液20ml，甲醛3.5ml，去离子甲酰胺10ml。 　　[4]55℃加热15min，冰浴冷却。 　　[5]加2ml5×载样缓冲液。 　　[6]上样、同时加RNA标记物（同位素（32P）dCTP）。 　　[7]60伏电泳过夜。 　　[8]取出凝胶，水中浸泡2次，每次5min。 　　[9]室温下将胶浸到50mmol/L NaOH和10mmol/L NaCl中45min，水解高分子RNA，以增强转印。 　　[10]室温下将胶浸到0.1mmol/L Tris HCl(pH7.5)中45min,使胶中和。 　　[11]20×SSC洗胶1h。 　　[12]20×SSC中过夜转印到硝酸纤维素膜上。 　　[13]取出硝酸纤维素膜，80℃真空烘烤2h。 Western杂交 　　Western杂交是将蛋白质电泳、印迹、免疫测定融为一体的特异性蛋白质的检测方法。 　　其原理是：生物中含有一定量的目的蛋白。先从生物细胞中提取总蛋白或目的蛋白，将蛋白质样品溶解于含有去污剂和还原剂的溶液中，经SDS-PAGE电泳将蛋白质按分子量大小分离，再把分离的各蛋白质条带原位转移到固相膜（硝酸纤维素膜或尼龙膜）上，接着将膜浸泡在高浓度的蛋白质溶液中温育，以封闭其非特异性位点。然后加入特异抗性体（一抗），膜上的目的蛋白（抗原）与一抗结合后，再加入能与一抗专一性结合的带标记的二抗（通常一抗用兔来源的抗体时，二抗常用羊抗兔免疫球蛋白抗体），{zh1}通过二抗上带标记化合物（一般为辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶）的特异性反应进行检测。根据检测结果，从而可得知被检生物（植物）细胞内目的蛋白的表达与否、表达量及分子量等情况。 　　Western杂交方法灵敏度高，通常可从植物总蛋白中检测出50ng的特异性的目的蛋白。