水洗需要使用特殊的机器设备及充足的水源。当适当的处理后，可以更加突显咖啡豆本身的特殊特性。而且，不良豆的数量也可以在水洗过程中大量移除，让咖啡豆的质量更加的提升。水洗咖啡的程序在中美洲及南美洲国家被广泛的使用。

当咖啡果实从山上采收下来后 ， 接下来的就是去除果皮及果肉以取得的咖啡豆 。 主要的处理方式有两种 : 水洗及日晒。 但最终决定因素在于是否有充足的水源可以使用。 有些特殊的精品咖啡同时采用日晒及水洗的两种方式。

咖啡豆在采收后，初步会先做简单的挑选已去除杂质。之后，一卡车一卡车的货车会将咖啡豆载到并到入大型的水槽中，干净且流动的水会将咖啡豆冲至水道中清洗。成熟的咖啡豆应密度较高，会沉在水道下面。而破损的咖啡果实、树枝、树叶、及较轻的杂质会浮在水面上，由水道的上方用滤网做隔离并移除。

在经过水道的清洗及分类后 ，成熟的果实会经过去果肉机将果肉移除。这个步骤是与日晒咖啡最不同的地方，因为在日晒前咖啡果肉与咖啡豆已经先行分离。

咖啡豆的外层这时候还有一层黏稠软质的羊皮纸包着，刚好可以保护咖啡豆的完整性。水洗程序应该在咖啡采收后应立即进行，以避免果肉腐烂造成味道沾染让咖啡豆的质量降低。

之后 ，咖啡豆会被放至于机械式的滤网上。摇动的滤网会在将上个水洗步骤没分离的未成熟豆及不良豆分离。成功滤过的咖啡豆二度放至于水道中，用清水做再次的清理与分类。

由于经过去果肉机，势必会有些残留的果肉还附着在咖啡豆的羊皮纸上。咖啡豆这时候会被放置于发酵槽中用xx的酵素去分解这些残留的果肉及羊皮纸。通常发酵过程在 24~36 小时内结束，时间长短取决于温度、残余果肉的厚度、及酵素的浓度。再来，咖啡豆会再用清水洗净直到果肉及羊皮纸移除。发酵过程必须严格监控，不然，一些不良的酸味或味道会沾染在咖啡豆上。在处理完后，咖啡豆的表层会变的较为粗糙，不具先前的黏稠感。

在经过发酵及水洗后的咖啡豆 ，含水量约为 57% 。由于咖啡豆过度潮湿，通常会用机器烘干或日晒方式将含水量降低至 12.5% 。如果使用机器烘干，通常 2~3 天就可以有效的降低含水量至理想数据。如果使用日晒方式，需要天气配合，且相对时间将延长到 1~2 周。

当有效降低咖啡豆含水量到达 12.5% 后，咖啡豆会被储藏起来等待出口。{zh1}，在咖啡出口前，干掉羊皮纸及{zh1}一层的银皮会使用机器移除。然后，再经过清理、筛选、分类、分级、及包装等步骤。

水洗的咖啡豆可让咖啡的口感较为干净无杂味及具有迷人的果香味。 水洗后的咖啡豆颜色会较偏向蓝绿色或灰绿色。 水洗过程的咖啡口感较清澈、明显亮丽、且不带杂味。