本月前十位亮点排名
2015年2月14日 ～ 2015年3月16日
表观基因组路线图项目
Nature 518 (2015年2月19日)
“NIH 表观基因组图谱工作路线图联合体”正在以ENCODE项目所做工作为基础，通过确定从人体胚胎组织、成年组织、疾病组织和健康组织直接获取的基因组中的功能调控序列，来编纂人类初生细胞和初生组织表观基因组的一个全面参照集。本期Nature专刊发表8篇来自该项目组的新论文，同时还设立一个News & Views 论坛，发布关于“表观基因组路线图项目”之意义的各种不同观点。本期发表的研究论文还伴随着一个“表观基因组路线图”在线文集(该文集汇集了来自“自然出版集团”各刊物所发表的研究论文)以及新闻故事和多媒体内容。为了增强读者的阅读体验，还准备了相关的“threads”，它们介绍在不止一篇论文中所讨论的话题。网址：www.nature.com/epigenomeroadmap。
Cover Story p313
doi: 10.1038/JNature7539cvst-1| 全文 | PDF
News & Views
doi: 10.1038/518314a| 全文 | PDF
Article
doi: 10.1038/nature13835| 全文 | PDF
Letter
doi: 10.1038/nature13990| 全文 | PDF
Letter
doi: 10.1038/nature14217| 全文 | PDF
Letter
doi: 10.1038/nature14221| 全文 | PDF
Article
doi: 10.1038/nature14222| 全文 | PDF
Article
doi: 10.1038/nature14233| 全文 | PDF
Article
doi: 10.1038/nature14248| 全文 | PDF
Letter
doi: 10.1038/nature14252| 全文 | PDF
炎症的有益作用
Nature 519 (2015年3月5日)
除了激发先天和后天免疫外，炎症还能通过我们基本上还不知道的机制触发组织修复和再生。这项研究在一个小鼠实验性结肠炎模型中显示了一个独立于STAT3的xx通道通过涉及gp130(白介素-6家族细胞因子的一个共受体)和下游效应子Src、Yes、YAP及Notch的一个过程是如何被激发的。
Article p57
doi: 10.1038/nature14228| 全文 | PDF
与胰腺癌相关的突变
Nature 518 (2015年2月26日)
对100个胰腺导管腺癌样本所做的一项全基因组测序分析，显示了胰腺癌变的已知和新发现的基因驱动因素。这些基因改变可根据结构变化的模式被分成四个子类型——稳定型、局部重排型、分散型和不稳定型，从而提出了在临床xx中提高定位准确度的可能性。若干种肿瘤都存在局部扩增，其中很多含有可以用xx处理的致癌基因，尽管每个出现的频率都比较低。基因组不稳定性与DNA 维护基因的失活和DNA损伤修复缺陷的一个突变特征同时出现。在一项概念证明研究中，作者显示了这些基因组特征作为xx选择的假定生物标记的潜在用途。
Article p495
doi: 10.1038/nature14169| 全文 | PDF
运动前的脑活动
Nature 519 (2015年3月5日)
在很多物种中，运动开始之前都发现运动皮层和运动前皮层中的神经活动增加。这种活动对于将要发生的运动的方向来说往往不是特定的，它与运动信号有什么关系仍不清楚。在这项研究中，Karel Svoboda 及同事分析了小鼠前侧向运动皮层内的神经元对运动规划的贡献。他们发现了具有相应于其各自功能反应的不同连接的不同神经元类群：投射到下游区域的神经元类群比投射到其他皮层目标的神经元类群对于将要发生的运动的方向更有选择性。这些结果突显了在行为过程中测出的复杂神经反应需要怎样按照它们所参与的神经回路的组织方式来加以解读。
Article p51
doi: 10.1038/nature14178| 全文 | PDF
一个光子的两个状态的量子隐形传输
Nature 518 (2015年2月26日)
在被称为 “量子隐形传输”的过程中，编码在一个量子粒子(比如说一个光子)中的量子信息被从一处传输到另一处，而不需要移动该粒子。虽然“量子隐形传输”已通过各种不同系统得到了演示，但所有这些系统迄今都只限于一个关键方面：它们只允许隐形传输一个自由度。在这项研究中，Nai-Le Liu及同事演示了一个光子的两个自由度(自旋和轨道角动量)的“量子隐形传输”。他们的实验过程非常复杂，涉及各种创新方法，特别是一个混合型贝尔态(Bell-state)测定方案。这一方案的复杂性说明了实现有更多自由度的更复杂量子系统的“量子隐形传输”将会有多么困难。但该研究是在这一方向上所迈出的第一步，也是相当重要的一步。
Letter p516
doi: 10.1038/nature14246| 全文 | PDF
News & Views
doi: 10.1038/518491a| 全文 | PDF
“人类世”可能已经开始的两个标志性时间
Nature 519 (2015年3月12日)
认为 “全新世”已经结束、被称为 “人类世”(Anthropocene)的一个由人类主导的新的地质时期已经开始的观点正在受到广泛讨论。关于“人类世”是什么时候开始的目前还没有正式结论，同时确定作为一个正式地质时间单位的一个地质时期的开始需要找到在地层材料中所记录的地球状态变化的一个全球性标记。Simon Lewis 和 Mark Maslin针对认可一个新地质时期的正式要求分析了地质记录中由人类因素所产生的特征，识别出了可能标志着“人类世”之开始的两个时间——1610年和1964年。另请参阅本期Nature第144页上发表的News Feature文章。封面图片：Alberto Seveso。
Perspective p171
doi: 10.1038/nature14258| 全文 | PDF
News Features
doi: 10.1038/519144a| 全文 | PDF
能玩多种游戏的智能机器人
Nature 518 (2015年2月26日)
本期封面是一幅想象图，想象的是入侵的复古精灵发起的进攻被由一个 “深Q-网络”智能机器人操控的游戏棒偏转了，是从该智能机器人的角度来“看”的。一个人工智能机器人要被认为是真正有智能的，它就需要在被认为对人类有挑战性的各种不同任务上都表现出色。迄今为止，我们只有可能创造能够掌握某一领域技能的个别算法。比如说，IBM公司的“深蓝”虽然在下象棋上战胜了人类世界xx，但却不能做其他任何事情。现在，来自谷歌子公司DeepMind的一个团队开发出一个被称为“深Q-网络”的智能机器人，它能学习直接凭感觉来玩49种经典的Atari 2600 游戏厅游戏，其表现水平与人类专家级玩家相当。通过将强化学习(选择使奖励xx化的行动——在本例中为游戏得分)与深度学习(从高维度数据中提取多层次特征——在本例中为像素)相结合，这种玩游戏的智能机器人使得人工智能朝着实现能够从头学习各种不同具有挑战性任务的目标更近了一步。封面图片：Max Cant /Google DeepMind。
Letter p529
doi: 10.1038/nature14236| 全文 | PDF
News & Views
doi: 10.1038/518486a| 全文 | PDF
干细胞染色质重组
Nature 518 (2015年2月19日)
高等染色质结构是影响基因表达的因素之一，虽然这些结构在哺乳动物系统的分化和世系形成过程中是怎样演化的仍不清楚。Bing Ren及同事对人类胚胎干细胞和它们分化的后代之间的全基因组染色质相互作用的差别进行了分析。他们描述了与远端增强子和近端启动子之间“等位基因偏差染色质相互作用”相关联的等位基因表达中所存在的偏差。
Article p331
doi: 10.1038/nature14222| 全文 | PDF
News & Views
doi: 10.1038/518314a| 全文 | PDF
xx素对进食的复杂效应
Nature 519 (2015年3月5日)
以前的研究工作确定了下丘脑 “阿黑皮素原”(POMC)神经元在因饱感而减少进食方面所起作用，说明促进进食的信号可能会降低POMC神经活性。Tamas Horvath及同事对这一观点进行了验证，发现令人意外的是，xx素进食信号会增强POMC神经活性。这种矛盾的POMC神经激发作用对于在饱感状态由“xx素受体-1”的xx所触发的对进食的应有促进来说是必不可少的。作者得出结论认为，xx素对进食的总体效应可能是由突触前和突触后两种效应驱动的(这两种效应彼此还可能是独立的)，而造成总体行为变化的是它们在时间上的同步。
Article p45
doi: 10.1038/nature14260| 全文 | PDF
News & Views
doi: 10.1038/nature14206| 全文 | PDF
自体免疫疾病之间的基因差异
Nature 518 (2015年2月19日)
自体免疫的数百个风险位点以前在全基因组关联研究(GWASs)中已被识别出，但所涉及位点包括“连锁不平衡”中的多种变异体，并且很少改变蛋白编码序列，这使得对它们的解读变得复杂化。这项研究采用一个新方法来详细分析21种自体免疫疾病的致病基因变异体，将一个新算法应用于基于GWAS的位点，并针对专门化的免疫细胞将基因型数据与表观基因组图进行整合。结果表明，增强子的一个非常有针对性的子类参与了T-细胞刺激，充当自体免疫疾病的致病性决定因子。
Article p337
doi: 10.1038/nature13835| 全文 | PDF
News & Views
doi: 10.1038/518314a| 全文 | PDF
来自于：Nature 中国
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