2000年9月4日 晚8：18，洛杉矶MIST中心地下一层
AYA的射击练习以失误结束，它走到控制室时Pierce告诉她上司Baldwin来电话说Akropolois Tower有情况，要它去那里调查。通道右边是武器库（火器管理室），可用BP向Jodie购买道具。来到停车场，与Pierce对话，选“ええ”动身前往Akropolois Tower。

2000年9月4日晚8：56，洛杉矶市Akropolois Tower

洛杉矶警方已经包围了Akropolois Tower，想从空中潜入大厦的直升机被击落，现场一片混乱。AYA以FBI的身份顺利的进入大厦。进入广场大厅（SQUARE），AYA发现许多SWAT队员的尸体，走近电话发现一个怪物一闪即逝。走进电话旁的门，在饮料自动xx机后发现一个幸存的SWAT队员，他交给AYA“カフェテアの键”。回到广场大厅，走下西南角的楼梯，看见一个怪物正在袭击一名SWAT队员。用刚刚得到的钥匙打开门进入自助餐厅（cafeteria），目睹了一名女子变异的全过程。xx怪物后，在其头部发现“インプヲント·パ-ツ”。在AYA转身的同时，那怪物竟然再度站了起来，幸好Rupert及时赶到，干掉怪物，救了AYA。Rupert建议AYA去请求增援，于是AYA回到广场大厅打电话给Baldwin，谁知竟遭拒绝。没办法，AYA只好返回自助餐厅，此时Rupert已经离开。打开东南角的门，在走廊墙上的钥匙盒内找到将“青の键”，进入对面的门，将“青の键”插在右边的装置上，即可接通东面的手扶电梯。来到东南的圣堂（sanctuary），一个装备怪异的怪人正与Rupert打成一团，怪人见AYA的出现立刻跳窗逃出。在圣堂地上捡起“赤の键”。

AYA在路过圣堂北面的门时，无意中听到有人的声音，进入屋顶花园，偷听到那怪人在与其幕后组织通话，他们安放了xx想要炸掉大厦。在雕塑后发现一张ID卡“ブヲックカ-ド”。返回曾使用“青の键”的房间，在“青の键”旁插入“赤の键”，外面的水池中的水会退去，在其中发现一名SWAT队员的尸体，可得到榴弹发射器“グレネ-ド·ビストル”。来到铁桥（bridge）前，在旁边的装置上输入“561”铁桥会升起。AYA上楼后调查了一圈，返回时碰上那个怪人。一番追逐战，那怪人受伤逃到了屋顶的直升机停机坪，AYA乘电梯追了上去，然而那怪人却以惊人的跳跃力跳到对面的打楼顶上。放弃追击的AYA和赶来的Rupert一起乘直升机逃离了爆炸的Akropolois Tower。

第二天MIST给AYA一个新的任务：到内华达州Mojave沙漠小镇Dryfield）调查UFO事件。

2000年9月5日 中午12：13，内华达Mojave沙漠

AYA在加油站下车（Gas station），进入修车间（Factory）。东面的卷门前AYA听见里面有动静，可是门却被一辆破车挡住，AYA先打开卷门左边的电源开关，然后来到西南角墙上的装置前，顺序按下“up”、“turn”使车90度转动，再将破车南面的铁网卸下。按动装置使破车转回原位，然后从卸下的铁网处进入，来到卷门前，按下右边的开关即可打开卷门进入车库（garage）

车库里的Douglas先生了解了AYA的身份后，给了她6号室（ROOM6）的钥匙。AYA来到6号室的阳台，发现对面水塔上有一个人。顺着阳台的梯子下来，却受到这里的一群人面狗的袭击。AYA先来到东面打开电闸，这时水塔下的铁门打开了，但必须尽快进入，因为门过一会儿又会关上。爬上水塔，AYA见到了Kyle Medigan。再上一层来到水塔顶，发现一具中年男子的尸体和一把钥匙。按动水塔上西面的开关将下面的铁门打开，便可下去了。

来到小镇的西南面，用刚发现的钥匙打开酒吧（G&R）的门。再酒吧的小房间里有小镇的地图。通过东面的门来到厨房，在冰箱内找到“王冠マグネッド”，调查后发现是一块带磁铁的钥匙链。从水塔下东北角的小巷来到修车间的另一扇门前，可是这门被锁住，AYA于是利用旁边的通话器呼叫Douglas，Douglas告诉她门的钥匙就在左下方的铁网内。AYA利用“王冠マグネッド”将钥匙弄到手，来到后院（junk yard）。一条狗把AYA带到一辆房车前，原来Douglas正在这里。AYA向Douglas询问了一些问题后，还可以购买道具。突然从对面的房间内传出女子的尖叫。AYA决定去调查。可是从表面的通路无法到达，Douglas让其爱犬指引AYA找到了绳子（フィヤ-□-ブ），并带AYA来到修车间外的枯井前。

AYA用绳子降下枯井，来到加油站小店（general store）。穿过东面的门来到传出尖叫的房间前，可是门却打不开。AYA只好来到第二个房间内，发现一个大衣柜被固定在墙上，她回到房车求助Douglas，Douglas允许AYA使用车库东面工具架上的工具。AYA在工具架上找到一把扳手，并用扳手松开大衣柜，进入后面的房间。一名女子倒在了AYA面前，并且不可思议的化掉了。而杀死这名女子的，就是在Akropolois Tower里遇见的怪人№9。xx№9后，AYA也昏了过去，梦里她见到一个与自己长相一样的小女孩从手术台上挣脱……

天渐渐暗了下来，Kyle找到了还在睡梦中的AYA，并举枪瞄准了她，突然Kyle的手臂上冒出火舌……两人互相取得信任后，决定乘车离开小镇。可等两人来到加油站前时，AYA的车已经被怪物破坏了。AYA想到Douglas又一辆小车，决定去向他借车。在Douglas的房车里，AYA提出了借车的请求，Douglas同意借车并决定检修一下小车。他交给AYA“□ビ-の键”，让她去取一筒汽油。AYA先来到一楼的接待室（lobby），在收银机上顺序按下“#、3、0、3、3、Total”，得到“ブ□ンコマスタ-キ-”，这把钥匙可以打开ROOM3、4、5和贮物室（loft）。在贮物室内，AYA找到一个空筒（シェリ），对面的防火保险柜的密码是“4487”，里面有“ホ-リ-ウォ-タ-”。来到加油站装满空筒，交给车库里的Douglas。Douglas将车准备好后，建议AYA取6号室休息。

梦里的小女孩再度出现，这次她已经被几个怪人包围……半夜AYA从梦中惊醒，在她进入浴室淋浴的同时，一只喷火巨兽正在接近小镇。（对这个BOSS要尽快干掉它，否则只能打跑它，不能打死）消灭了巨兽，在ROOM1前的长凳上找到Douglas，他将车钥匙交给了AYA。AYA先回房车，打开一个铁盒子得到M950。然后到车库与Kyle汇合，开车离开小镇。

2000年9月6日 凌晨0：06，Dryfield小镇郊外矿井

AYA的车被人面狗群围攻，Kyle受了伤先退近了矿井。AYA在击退人面狗后也进了矿井。直线前进一段距离后，AYA被一座断桥挡住了去路，只好退回。从南面的门进入另一条通道，先打开挡路的矿车的制动，走入深处找到一块木板（オ-クの板）。用木板盖在断桥上走过去。进入右边的避难所（refuge），取下东北角装置上的跳线（ジャンバ-）改插在第二个孔内，再合上左下方的电闸，就可以打开外面的铁门。洞穴（cavern）里一个闪亮的红点正对着AYA，原来一只巨大的白毛人面狗正守候在此。杀死白毛后，AYA得到另一个跳线和P229。在西南角的摩托车上AYA发现一个开关，马上按下。回到避难所，将两个跳线分别插在1、4个插孔内，合上电闸，再按一下摩托车上的开关，就可以进入那个漏光石墙后的世界。

这里原来隐藏着一个地下秘密基地。AYA通过储存室（store room）、宿舍来到B1中央通路。东南角的房间是武器库，用在Akropolois Tower发现的ID卡“ブヲックカ-ド”可打开自动xx机旁的门，里面可以得到一把霰弹枪和三种无限弹。AYA从中央通路的北门进入xx室，从左边的门穿过后，用北边的电梯下到B2。进入B2中央通路东北面的动物实验室，再从另一扇门进入一个通道。再弯道处，AYA受到一个怪物从B1的攻击（顶部被击穿）。AYA为了到B1去看个究竟，原路返回。可被困在充满毒气的xx室内，情急之下只好从东北角的垃圾道跳下求生。在B3的垃圾倾倒室里，AYA稍稍调整了一下（两边有两种无限弹），正准备离开，一个巨大的怪物蠢蠢欲动……

东面的大门因为没有电源无法打开，只有和BOSS硬拼了。xx怪物后，巨大的震动使大门接通了电源，借此AYA逃出了垃圾倾倒室。谁知那怪物并没有死，而且紧追上来。这回可较轻松的打到它：先踩下东面的{dy}个开关，使铁板升起，待怪物爬上来后踩下第二个开关，怪物便被消灭。松了一口气的AYA听到五分钟后垃圾即将焚烧的警报后，回到垃圾倾倒室，在尽头找到“メディソン·ウィ-ル”。再回来调查南面的门，发现无法打开，多调查几次后，Kyle赶来从外面打开门救出AYA。

两人来到B4，在水池旁的仪器上输入“18”放掉水，走到上部找到一个控制“满月之门”的装置，输入“15”可打开东北角的“满月之门”。穿过“满月之门”，AYA发现又回到了沙漠小镇Dryfield的枯井里。Douglas的爱犬带AYA来到水塔处，在水塔上AYA救下了被怪物包围的Pierce，得到一把“RVのキ-”，可打开加油站附近的红色车的后备箱，得到防具和口红。由于Pierce受了伤，AYA到ROOM4外的冰块xx机处买了一袋冰给Pierce，来回三次Pierce便会好起来。（每次送冰可得到道具，分别是：可乐，MP回复水Lv.2，“オフダ”）而此时Douglas处会有新的道具卖。

从“满月之门”回到地下基地，来到B1的东面（地图上有红点标记处） ，xx怪物可得到一张基地人员ID卡。来到B2南面电梯旁的门，用刚得到的ID卡打开此门，穿过手术室来到研究室，在一台笔记本电脑上输入“A3EILM2S2Y”，进入基地内部系统。选D后回答对三道题目后获准提问。了解一些情况后，Pierce打来电话，要AYA赶到B1东北的监控室。监控室里，Pierce告诉AYA，曾在Akropolois Tower发现的“インプヲント·パ-ツ”其实是“インプヲント发信机”，怪物体内植入发信机后可用仪器xx定位。然后Pierce又让AYA利用监控器打开几道电子锁。回到B2中央通路，从西北的电梯下到地下人工环境。

美国白宫亦得到消息，总统更是准备用卫星武器彻底毁掉这个地下基地。

AYA先从南面的楼梯走下，从通道进入古墓，摆弄古墓里的十五块奇怪的小石板，打开古墓另一头的门。进入后发现一个巨大的怪兽被固定在一个机器上，AYA先破坏机器，切断怪兽的回复系统后，就可轻松打死怪兽。打完怪兽后原路折回。因为火警的关系，原先大厅北面的门可以打开了。进入那个“弓”字形的回廊，在最深处发现一个神台，上去后按“红、黄、蓝、白、蓝、白、红、黄、白、蓝、黄、红”的顺序踩踏石板，可打开那个有巨兽的房间的另一张门。进入后上楼按老方法打死另一只怪兽。回到神坛，按“蓝色踩6次，白色踩2次，红色3次，黄色5次”的顺序踩踏石板，神台上的图腾柱会出现一个开关。合上后铁桥会移动，这样即可到达原先无法到达的湖中孤岛。调查孤岛上的一块铁板，发现下面是一个水底空间，进入打败所有的水怪后可得到“スカル·クリスタル”。

回到B2中央通路，从西南角的电梯下去。这里被小女孩部下结界，两个大音箱不断发出低沉的声音，画面也发生扭曲。最讨厌的是AYA的MP会慢慢的减少。所以一定要尽快打掉音箱。这里又有一个电梯，乘它下到更低的一层，遇见了小女孩操纵的一只大怪物。干掉后，Kyle也赶来，两人发现，在脑波增辐器里，竟是AYA梦中出现的与自己一模一样的EVE，原来EVE是AYA的克隆。交谈中Pierce突然打来一个电话，要AYA他们注意危险，但马上就挂断了。果然，大批的巨人兵已经发现了他们三人，并投入毒气弹。在Kyle的掩护下，AYA和EVE逃出了房间，乘电梯来到SHAMBALA。不料EVE突然xx跑开了，带AYA追到水下走廊时，№9已经抓住了EVE。

回到B1监控室，AYA在电话上找到了Pierce留下的纸条。又打电话向总部汇报情况（多打几次）从B1中央通路西北门来到地下停车场，在墙上找到“车の键”，并按下黄、蓝按钮，会有一辆红色小车出现，再在大门旁使用基地人员ID卡，顺利来到1F。通过各个通道后（在一辆摩托车旁可找到玩具熊“めぃぐゐみ”），AYA打开了通往直升机停机坪的大门。一群巨人兵正等在这里，幸好美军及时赶到，清理的巨人兵。

AYA与指挥官谈过之后来到营帐之外，Douglas的爱犬送来一封信和MP回复水Lv.2。把玩具熊让狗嗅一下，他就会与AYA一同进入地下基地，利用灵敏的嗅觉寻找EVE。

在原先装有五个巨人兵的大冷冻室里，AYA找到了快冻僵的Pierce。在通往监控室的铁桥上，№9正准备将EVE让眼前的大怪物吸收。可Kyle在关键时候阻止了№9，重伤的№9被大怪物吸收了。同时，卫星武器也发射了，沙漠小镇及地下基地几乎全毁，可是却没能阻止那大怪物的诞生。由于铁桥被炸断，AYA和Kyle被隔开了，EVE则掉进了B2。受伤的Kyle让AYA快去救EVE。于是AYA来到了B2……

最终BOSS的两种形态都没有阻挡住AYA。终于AYA和EVE两人被平安救出，而Kyle却不知去向。一年后，AYA带EVE参观博物馆，而Kyle也……