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保税仓库是保税制度中应用最广泛的一种形式，是指经海关批准设立的专门存放保税货物及其他未办结海关手续货物的仓库。例如：龙口港公用型保税油库和保税堆场、江门市日新日盈公用型保税仓库。
保税仓库通常结合着出口监管仓库来用，一般把保税仓库和出口监管仓库合二为一，统称叫做“两仓”，即一出一进。亿博物流咨询专业人士提到，保税仓库主要应用于加工贸易企业当中，加工贸易企业在应用保税这一概念的过程中是非常丰富的，主要有五种加工保税模式，一是通常所说的“两头在外模式”，即原料和成品都在国外，加工在国内；二是“两头在内模式”，即原料和成品都在国内，当然加工也在国内，只是来源都是加工贸易公司；三是保税内销，四是非保外销，五是委托加工。至于保税仓库，局限的范围非常小，一是主要用于进口，二是仓库内不允许流通加工，三是仓库容量有限，四是涉及面也比较窄。
进口付汇，主要是配合国家的外汇管制政策，通过“电子底帐+联网核查”的方式，防止不法企业伪造报关单或者利用报关单进行重复付汇。用于外汇、银行、企业；主要数据有进口报关单、银行核注结案信息。
保税区（Bonded Area ;the low-tax; tariff-free zone ;tax-protected zone)亦称保税仓库区。这是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督和管理的可以较长时间存储商品的区域。是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域，是我国目前开放度和自由度{zd0}的经济区域。
上海外高桥保税区
苏州工业园综合保税区
沈阳保税区
国内保税区现状
重庆（寸滩）保税港区
重庆西永综合保税区
天津保税区
海口综合保税区
广西钦州保税港区
保税区能便利转口贸易，增加有关费用的收入。运入保税区的货物可以进行储存、改装、分类、混合、展览，以及加工制造，但必须处于海关监管范围内。外国商品存入保税区，不必缴纳进口关税，尚可自由出口，只需交纳存储费和少量费用，但如果要进入关境则需交纳关税。各国的保税区都有不同的时间规定，逾期货物未办理有关手续，海关有权对其拍卖，拍卖后扣除有关费用后，余款退回货主。 　　
其功能定位为“保税仓储、出口加工、转口贸易”三大功能。根据现行有关政策，海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行保税管理；境内其他地区货物进入保税区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理等部门对保税区也实行较区外相对优惠的政策。 　　
保税区是中国继经济特区、经济技术开发区、国家高新技术产业开发区之后，经国务院批准设立的新的经济性区域。由于保税区按照国际惯例运作，实行比其他开放地区更为灵活优惠的政策，它已成为中国与国际市场接轨的“桥头堡”。因此，保税区在发展建设伊始就成为国内外客商密切关注的焦点。 　　保税区具有进出口加工、国际贸易、保税仓储商品展示等功能，享有“免证、免税、保税”政策,实行“境内关外”运作方式，是中国对外开放程度{zg}、运作机制最便捷、政策{zy}惠的经济区域之一。 综合保税区 　　
综合保税区是设立在内陆地区具有保税港区功能的海关特殊监管区域，实行封闭管理，是目前我国开放层次{zg}、政策{zy}惠、功能最齐全的海关特殊监管区域，是国家开放金融、贸易、投资、服务、运输等领域的试验区和先行区。其功能和税收、外汇政策按照《国务院关于设立洋山保税港区的批复》的有关规定执行。即：国外货物入区保税，货物出区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税；国内货物入区视同出口，实行退税；保税区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。该区以国际中转、国际采购、国际配送、国际转口贸易和保税加工等功能为主，以商品服务交易、投资融资保险等功能为辅，以法律政务、进出口展示等服务功能为配套，具备生产要素聚散、重要物资中转等功能。