《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号）第17条“清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。”
    但是对房地产开发项目的审批部门有规划局批的规划项目许可证、有建设委员会批的施工许可证，有的地方还有发展和改革委委员会批的报建项目，这些部门批的项目有时不一致，那么《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号）文里的“国家有关部门审批、备案的项目”到底以那个单位审批的项目为清算单位？ 《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号）文里的“对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算”，文件里的分期项目又是怎样确定的哪？
    房地产企业在取得土地使用权之后，还要取得《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《建筑工程施工许可证》等才可以开工，其中《建设用地规划许可证》一般只能有一个，《建设规划许可证》如果没有分期开发，则是一个，如果开发项目分期开发，企业取得的则是分期的《建设工程规划许可证》，只有取得了《建设工程规划许可证》，企业才可以办理《建筑工程施工许可证》，在这几个证件当中，《建设工程规划许可证》是在城市规划区内，经城市规划行政主管部分审定，许可建设各类工程的法律凭证，具体明确了项目开发的建设项目名称和建设规模。所以笔者认为《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号）第十七条所说的项目应当为《建设工程规划许可证》所明确的建设项目。
    对于分期开发的项目根据上述规定，也应当以《建设工程规划许可证》区分建设项目名称及分期情况。
    顺便述及企业所得税。房地产开发企业所得税处理中也应当以《建设工程规划许可证》作为核算项目，在此基础上根据计税成本对象的确定原则划分具体的成本对象和核算单位。