由于膜能分离水溶液中的绝大部分溶解于不溶解的物质，常规的预处理再完善，也不能脱出2?m一下的威力。生物污染也是可能发生的，局部的浓差极化造成结垢沉淀等。因此膜组件必须定期清洗。一个设计合理的给水预处理系统，反渗透组件应当是很长时间才需要化学清洗。如果预处理系统的设计不合理，或者操作不当，就会造成频繁的化学清洗，而且RO系统的性能亦差，结垢导致高的投资费和运行费，其原因如下：
（1）由于膜的污染和结垢，膜的产水量下降，也由于系统的部分系列组件需要清洗，就要求一投产时就有更多的膜组件，要求有25%的余量，因此工程的初期投资费就相应增加。
（2）一个由于膜污染需要经常清洗的RO系统膜组件的使用年限在2.5年以下，二设计合理、运行管理正确的RO系统，膜组件使用年限可达5年以上。
（3）许多Ro装置，为维持膜被污染后的产水量，通常安装了比额定扬程更高的高压水泵，相应增加了泵的投资费，而且能耗也搞。
（4）被污染膜的脱盐率通常亦差，而且化学清洗液会导致膜脱盐率的下降，即使膜经过再生处理，也不能恢复到原有的水平。
    能有效地清洗被污染的膜，最重要的是不要太迟清洗。被污染的膜继续运行，污染物就会被压密、脱水、变厚、牢固地附着于膜上，加剧局部的浓差极化，产生新的结垢，结果更难xx，因此必须及时清洗，需要清洗的准则如下。
（1）最敏感的信号是盐的透过量增加，在短时间内，盐透过率增加50%。
（2）产水量变厚10%左右，通常是减少，弱膜受水解，产水量可能增大。
（3）组件压降增加15%左右。
（4）给水压力增加10%左右。
    若出现上述情况之一，应当进行检查、分析原因，纠正给水预处理或调整运行参数，并进行清洗。清洗装置上的设备、管路、阀门等材料必须能耐PH值2-10，温度40摄氏度。这些材料包括不锈钢，增强玻璃纤维的塑料等。清洗装置包括：清洗槽、清洗泵、筒式滤器、排风机等。
    清洗槽尺寸应足够大，至少能维持5分钟运行所需要的流量。该槽应配备冷却盘管，以便排除试剂混合时放出的热量，为防止温度过高可能损害膜，还应配备温度指示器和超温xxx，此外还要装配搅拌器。排气风机是清洗系统重要的组成之一，它把开水试剂混合时逸出的化学烟雾，气味排出室外。