1、光合菌群(好气性和嫌气性)：如光合xx和蓝藻类。属于独立营养微生物，菌体本身含60%以上的蛋白质,且富含多种维生素，特别是维生素B12、叶酸、生物素的含量是酵母的几千倍，还含有辅酶Q10，抗病毒物质和促进生长因子；它以土壤接受的光和热为能源，将土壤中的硫氢和碳氢化合物中的氢分离出来，变有害物质为无害物质，并以植物根部的分泌 物、有机物、有害气体(硫化氢等)及二氧化碳、氮等为基质，合成糖类、氨基酸类、维生素类、氮素化合物、抗病毒物质和生理 活性物质等，是肥沃土壤和促进动植物生长的主力xx。光合菌群的代谢物质能被植物直接吸收，还能成为其它 微生物繁殖的养份。光合xx如果增殖，其它的有益微生物 也会增殖。例如：VA菌根菌以光合菌分泌的氨基酸为食饵， 它有能力把植物根不吸收的不溶性磷提供给植物，又能与固 氮菌共生,固氮能力成倍提高。

　　2、乳酸菌群(嫌气性)：它靠摄取光合xx、酵母菌产生的糖类形成乳酸。乳酸具有很强的xx能力，能有效抑制有害微生物的活动和有机物的急剧腐败分解。乳酸菌的另一个重要作用，就是能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。一般情况下，致病菌如果增加，植物就衰弱，有害线虫会急剧增加。乳酸菌抑制了致病菌的活动，有害线虫会逐渐消失。

　　3、酵母菌群(好气性)：它利用作物根部产生的分泌物、光合菌合成的氨基酸、糖类及其它有机物质产xx酵力，合成促进根系生长及细胞分裂的活性化物质。酵母菌在EM有效微生物制剂中对于促进其它有效微生物(如乳酸菌、放线菌)增殖所需要的基质(食物)的生产援供重要的给养保障；此外，酵母菌产生的单细胞蛋白是动物不可缺少的有效养份。
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　　4、革兰氏阳性放线菌群(好气性)：放线菌是细茵和霉菌的中间形态。它从光合xx中获取氨基酸、氮素等作为基质，产生出各种抗生物质、维生素及酶,可以直接抑制病原菌。它提前获取有害霉菌和xx增殖所需要的基质，从而抑制它们的增殖，并创造出其它有益微生物增殖的生存环境。放线菌和光合xx组成的混合xx，其净菌作用比放线菌单兵作战的杀伤力要大许多倍。同时，对难分解的物质，如木质素、纤维素、甲壳素等具有降解作用，而披分解的物质容易被动植物吸收，增强动植物对各种病害的抵抗力和免度力。放线菌也有助长固氮菌和VA菌根菌的作用。
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　　5、发酵系的丝状菌群(嫌气性)：主要以发酵酒精时使用的曲霉菌属为主体，它能和其他微生物共存，尤其对土攘中酯的生成有良好效果。因为酒精生成力强，能防止蛆和其他有害昆虫的发生,并有分离恶臭的效果。