在我们的传统食物中，很多都能够导致过敏，比如花生、面粉、大豆、牛奶、鸡蛋、海鲜等等。转基因作物开发中的规则之一就是避免从这些可能含有过敏原的物种中寻找被转基因。而且，对于转基因作物来说，转进去的基因是明确的，很容易地跟踪它会不会引起过敏。而那些“传统育种技术”，比如诱导突变筛选，是通过人工诱导的方式让农作物发生基因突变的。这样产生的突变基因是未知的，我们很难跟踪它表达出来的蛋白质，也就无法知道它是否会引起过敏。从这个角度来说，转基因的作物是要更加安全的。
无需担心BT基因转移到人体
还有一些人担心，转进水稻中的Bt基因会不会转移到人体中。虽然从逻辑上，我们不能说“不可能”，但是想想科学家们要费多大的力气、使用什么样的手段才能把一个基因转到另一种作物中，就不难理解：大米中的BT基因要转移到人体中，跟随手一箭，射中了月亮差不多。同时，Bt基因已经整合到了水稻中，它转移到人体中的机会——即使有也不会比其他基因更高。如果Bt基因能转移到人体，那么其他食物所含有的形形色色的基因，也会有同样的机会转移到人体。既然我们不相信吃了猪肉会有猪的基因转移到我们的身体中，又怎么会相信大米中的基因就可以？
上市食品都可以被食用
因为微生物中的基因转移要容易一些，所以从理论上说，Bt基因有可能转移到人体内的菌群中，从而影响到菌群的正常形态。这种担心在理论上是成立的。再一次地，我们吃进去的食物中有各种各样的基因，BT基因转移到菌群中的可能性并不会比其他的基因更高。而那些其他的基因，也不乏各种各样的”特殊功能”。功能明确、容易追踪的BT基因，也就不会比那些我们未知的基因更加”危险”。
转基因作物的开发与推广，除了作为食品本身的安全性，还受到其他许多复杂因素的影响，比如环境、政治、经济、伦理等等。但是，就食物来说，只要上市了，就没有什么不能吃的。
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