为实现对世博会期间抵沪船舶的全方位高效监控，一套基于GIS技术的世博水上交通指挥系统将于4月1日正式投入使用。全国驶往上海港船舶的报备信息、船舶动态、审核结果、管控要求、安检和现场检查信息等数据将在该指挥系统中进行显示。
海事部门同时成立上海世博会水上交通管控和应急指挥中心，管控船舶动态，协调水上通航秩序和通航秩序的管理，加强危险品和防止船舶污染水域管理。针对可能出现的险情，海事部门已制订涉及船舶防台、碰撞、失控、污染及人员救助等险情的13个应急预案，明确了相关事故（事件）的应急处置方针、政策，应急组织机构和相关应急职责。
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