国家科技进步奖于1985年设立，自设立初至1999年间，共评出特等奖56项，包括1985年南京长江大桥、1992年大瑶山铁路隧道和1997年秦山核电等重大项目。在1999年国务院发布了《国家科学技术奖励条例》后，国家科技奖励制度进行了改革，一个重要变化就是国家科技进步特等奖的评选标准更加严格，特等奖基本都面向国家重大的科技工程。
1985年度：
原子弹的突破和武器化
氢弹的突破及武器化
我国{dy}代核潜艇的研究设计(091)
固体潜地战略导弹及潜艇水下发射(巨浪一号)
核武器的一种新原理突破
液体地地战略武器及运载火箭（东风五号）
强5及其改进改型飞机
歼8型和歼8Ⅰ型飞机
现代国防试验中的动态光学观测及测量技术
“尖兵一号”返回型卫星和“东方红一号”
试验通信卫星及微波统一系统
远望综合测量船
151—3/4型集成电路大型通用计算机
葛洲坝二、三江工程及其水电机组
南京长江大桥
成昆铁路新技术
顺丁橡胶的工业化生产技术
大庆油田长期高产稳产的注水开发技术
渤海湾盆地复式油气聚集区（带）勘探理论与实践研究
1986年度：
X X X X和X X
X原理两次突破
潜地导弹潜艇水下发射(092)
战时特种武器伤害的医学防护
长江葛洲坝一期工程工程地质和岩体力学研究
1987年度：
第二代氢弹装置的突破(核武器)
红箭-8反坦克导弹
中国{dy}台亿次巨型并行计算机系统
包兰铁路治沙工程
长江中下游铜硫金银资源重大发现与个旧——大厂锡矿成矿条件、找矿方法及远景
1988年度：
YJ-8反舰导弹研制
向阳红10号远洋科学考察船
宝钢一期工程施工新技术
1989年度：
核武器的重大突破（中子弹）
YZ18A型振动压路机
金川资源综合利用
1990年度：
返回式摄影定位卫星
红二乙A地空导弹武器系统
北京正负电子对撞机
武钢一米七轧机系统新技术开发与创新
定向井、丛式钻井技术研究
1991年度：
长征四号甲运载火箭
1992年度：
大瑶山铁路隧道
兖州矿区建设施工技术
1993年度：
黄淮海平原中低产地区综合治理的研究与开发
1994年度：
暂时不知
1995年度：
大庆油田高含水期“稳油控水”系统工程
1996年度：
ABT生根粉系列的推广
1997年度：
秦山30万千瓦核电厂设计与建造
高空模拟试车台
1998年度：
长征三号甲、长征三号乙运载火箭
1999年度：
歼轰-7
歼击轰炸机