异型杂交。将基因从转基因植物转移到传统作物或相关野生物种（称为“异型杂交”）以及将传统种子与利用转基因作物培植的种子产生的作物混合，可对食品安全和粮食保障产生间接影响。正如在美利坚合众国只批准作为饲料使用的一种玉米品种的少量玉米出现在供人类食用的玉米产品中所显示的，这是一种实际风险。若干国家已采取战略以减少混合，包括明确分开种植转基因作物和传统作物的田地。
有重要关系的问题包括：转基因生物逃脱和潜在将人工基因导入野生种群的能力；在转基因生物获得之后基因的持续性；非目标生物（如非害虫类昆虫）对基因产物的敏感性；基因的稳定性；其它植物系列的减少，包括生物多样性的丧失；以及在农业中增加使用化学品。转基因作物的环境安全性问题因地方条件而有相当大的差别。
食品法典委员会是粮农组织/世界卫生组织负责汇编构成食品法典：国际食品法典的标准、行为守则、准则和建议的联合机构。食品法典委员会正在对转基因食品的人类健康风险分析制定原则。这些原则的前提强制规定在逐案基础上开展上市销售前评估，并包括评价（插入基因的）直接影响和（由于新基因的插入可能产生的）非预期影响。这些原则正处于制订的后期阶段并且预期于2003年7月通过。食品法典委员会原则对国家立法不产生有约束力的影响，但是特别在世界贸易组织卫生和植物检疫措施协议中提及，并可在贸易争端的情况下用作参考基准。
卡塔赫纳生物安全议定书是对其缔约方有法律约束力的一项环境条约，管制改性活生物体的越境转移。转基因食品如果包含能够转移或复制遗传物质的改性活生物体，则属于议定书的管辖范围。卡塔赫纳生物安全议定书的基石是一项要求，即出口者在有意释放到环境的改性活生物体首次发货之前征得进口者的同意。该议定书将自第50个国家批准之日后第90天起生效。鉴于自2002年6月以来登记的加快交存，可能在2003年初生效。
自1990年代中期在市场上首次引入一种重要的转基因食品（抗除草剂大豆），在政治家、社会活动家和消费者中，尤其在欧洲，对此类食品的担忧不断增多。这涉及若干因素。在1980年代后期
—1990年代初期，数十年分子研究的结果到了公共领域。在此之前，消费者通常并不十分了解该研究的潜力。就食品而言，由于消费者感到现代生物技术正导致产生新的物种，他们开始怀疑安全性。
消费者经常问，“这对我有什么好处？”。就药品而言，许多消费者更容易接受生物技术有益于他们的健康（如改进xx可能性的药品）。就引入欧洲市场的{dy}批转基因食品而言，这些产品对消费者无明显的直接好处（不更便宜，不增加保存期，味道并不更美）。转基因种子造成每一耕地面积更高产量的潜力应导致更低的价格。但是，公众的注意力已集中在风险
– 效益状况的风险一边。
在欧洲，由于1990年代后半期发生的与转基因食品无关的若干次食品恐慌，消费者对食品供应安全性的信心已显著下降。这也已对关于转基因食品可接受性的讨论产生影响。消费者已从消费者健康和环境风险方面对风险评估的有效性提出疑问，特别注重于长期影响。消费组织辩论的其它议题包括过敏性和抗微生物抗性。消费者的担忧已引起讨论对转基因食品加贴标签使能作出知情选择的可取性。同时，已证实，要测出食品中微量转基因生物是困难的：这意味着往往不能测出极低浓度。
将转基因生物释放到环境和转基因食品的上市销售已在世界许多地区引起公开辩论。这一辩论有可能继续，可能在生物技术的其它利用（如在人类医学）及其对人类社会的后果这一更广泛的范畴内进行。即使正在辩论的问题通常很相似（成本效益，安全性问题），但是辩论的结果因国家而异。关于转基因食品的标签和可追踪性等问题，作为处理消费者关注的一种方法，迄今尚未取得共识。这在过去几年食品法典委员会内讨论期间已变得明显。虽然缺乏对这些主题的共识，但是已就协调关于风险评估的观点取得重大进展。食品法典委员会即将通过关于上市销售前风险评估的原则，并且卡塔赫纳生物安全议定书的规定也显示国际级日益增多的了解。
是的，知识产权可能是关于转基因食品的辩论中的一项内容，对农民的权利有影响。对知识产权，尤其是《与贸易有关的知识产权协定》（世界贸易组织下涉及与贸易有关的知识产权的一项协定）的专利权义务，已根据它们对进一步获得作物多样性的后果开展讨论。在医学中利用基因技术这一相关主题方面，世界卫生组织已审查知识产权与平等获得遗传资源和利益共享之间的冲突。该项审查已考虑潜在的垄断问题以及对人类医学基因序列领域新的专利条例的怀疑。这些考虑可能也影响关于转基因食品的辩论。
某些团体对它们认为的几个化学公司对种子市场不可取的控制程度感到担忧。从作物保护良好规范方面以及从整个社会的视角和依附于食品的价值观念来看，可持续农业和生物多样性可从利用一系列丰富的作物中获得{zd0}益处。这些团体害怕，由于化学工业在种子市场的利益，农民使用的品种范围可能缩小至主要为转基因作物。这将影响一个社会的口粮篮以及从长远影响作用保护（例如，形成抗虫害抗性和耐受某些除草剂）。专一使用耐受除草剂的转基因作物还会使农民依赖这些化学品。这些团体害怕化学工业在农业发展中占据主导地位，这是一种它们并不认为可以持续的趋势。
未来转基因生物可能包括增强抗病或抗旱的植物，营养素水平增高的作物，强化生长特性的鱼类以及产生重要药用蛋白质如疫苗的植物或动物。在国际方面，在粮农组织和卫生组织2000年和2001年组织的专家协商会以及食品法典委员会用生物技术生产的食品特设专题小组以后的工作中可找到对新发展的反应。此项工作已造成从总体上改进和统一转基因食品风险评估的框架。诸如评价转基因食品过敏性或用转基因微生物生产的食品安全性等特定问题已包括在内，并且由粮农组织和卫生组织组织的一次专家协商会将于2003年注重于转基因动物产生的食品。
世界卫生组织将在转基因食品方面发挥积极作用，主要基于两个理由：(1)公共卫生可从生物技术的潜力，例如从增加食品的营养素成份、降低过敏性和更有效的粮食生产中获得巨大好处；以及(2)同样在全球范围内有必要审查消费通过基因改良生产的食品对人类健康的潜在负面影响。显然，现代技术如要构成在生产食品的方式方面一项真正改进，必须对其进行透彻评价。此类评价必须是全面的，包括一切的，不能停留在以前分散的不一致的评价系统，只孤立地注重于人类健康和环境影响。
因此，世界卫生组织正在开展工作以提出对评价转基因食品的更广泛观点，从而能考虑其它重要因素。对转基因生物和转基因产品的这一更为全面的评价将不仅审议安全性，而且审议食品保障、社会和伦理问题、获取以及能力建设。在这一新方向方面的国际工作以这一领域其它主要国际组织的参与为先决条件。作为{dy}步，世界卫生组织执行委员会将于2003年1月讨论世界卫生组织一份涉及这一主题的报告内容。该报告正与其它主要组织合作编制，主要是粮农组织和联合国环境规划署。希望这份报告可构成今后行动的基础，以实现对某些转基因食品的更为系统、协调、多组织和国际评价。
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