嘌呤核苷酸合成调节的主要形式是反馈调节。首先，细胞内PRPP（磷酸核糖焦磷酸）的浓度是调节嘌呤核苷酸从头合成途径最重要的因素。PRPP的浓度取决于体内PRPP合成与利用之间的平衡。PRPP的合成速度与磷酸核糖的量以及关键酶PRPP合成酶的活性呈正相关，而PRPP合成酶的活性又受到IMP（次黄嘌呤核苷酸）GMP（鸟嘌呤核苷酸）AMP（腺嘌呤核苷酸）等合成产物的反馈调节。PRPP的利用主要是在补救合成途径，因此补救合成途经越旺盛，PRPP消耗越多，从头合成途径也就越受到抑制。此外，从头合成的途径越旺盛，PRPP消耗也越多，反过来也会反馈抑制从头合成途径，可见相互之间存在非常复杂的反馈调节机制。   嘌呤核苷酸合成的关键酶主要有四个：PRPP合成酶、PRPP酰胺转移酶、腺苷酸代琥珀酸合成酶和次黄嘌呤核苷酸脱氢酶。其中最重要的是PRPP合成酶，其直接决定了嘌呤从头合成的速度。PRPP酰胺转移酶也可被合成的嘌呤核苷酸产物反馈抑制，但PRPP浓度的增加又可以促进其活性，加快PRA（5-磷酸核糖胺）的生成。腺苷酸代琥珀酸合成酶在AMP合成过程中起重要作用，调节AMP生成速度，但过量AMP则能抑制腺苷酸代琥珀酸合成酶的活性，调控AMP生成的速度。次黄嘌呤核苷酸脱氢酶则调节GMP的生成速度，过量的GMP可反馈抑制IMP脱氢酶活性，从而控制GMP的合成速度，GMP与AMP并不相互影响彼此的合成速度，具有较高的选择性。但IMP转变成AMP时需要GMP的存在，XMP转变成GMP时需要ATP的存在，即GTP可以促进AMP生成，ATP又可以促进GMP生成，彼此之间存在很复杂的交叉调节，这对维持体内ATP、AMP、GTP、GMP浓度的相互平衡具有重要意义。此外，体内嘌呤核苷酸还可以相互转变，以保持彼此平衡。比如，IMP可以转变XMP、AMP及GMP，而GMP、AMP又可以转变成IMP。