始建于1938年，是一个集科研、科普、旅游和教学实习为一体、具有明显区域特色的多功能综合性植物园，是我国西南地区{zd0}的亚热带植物多样性及种质资源保存研究基地和山茶、木兰、秋海棠等植物的引种栽培中心。昆明植物园由原来的植物园和植物生物技术研究室整合而成。2000年，又通过国际合作和院省合作，在丽江复建了丽江高山植物园和野外工作站。现有博士生导师5人，硕士生导师9人。
其科技目标是：以中国西部丰富的野生花卉资源（包括观赏、药用和香料等）和市场主流花卉品种为研究对象，运用生理生态学、分子生物学、遗传学、发育生物学以及相关生物技术手段，对野生花卉资源的开发和持续利用，对市场主流花卉产前、产中、产后各环节涉及到的基础及应用基础理论进行研究。
主要研究方向为：1）云南野生花卉资源的引种保存和选育种研究；2）珍稀濒危植物保护生物学研究；3）药用植物种质资源的引种保存和抗逆性遗传资源的评估及筛选研究；4）植物生理生态学研究；5）极端环境下植物生命过程的分子机理的研究。
具体研究内容主要有：1）野生花卉资源的调查、引种栽培和繁殖技术研究；2）花卉遗传多样性、新品种选育和品种产权保护技术；3）野生花卉驯化适应性的分子机制及其应用；5）花卉引种驯化的生理生态适应基础；6）花卉采后细胞凋亡的分子生理与保鲜技术；7）次生代谢产物调控与花卉品种改良；8）珍稀濒危植物的野外调查和种质资源保存；9）濒危植物的生殖生物学研究；10）濒危植物种群结构与动态的研究；11）药用植物资源的引种保存和抗逆性遗传资源的评估及筛选研究；12）极端环境下植物生命过程的分子机理研究等。
拥有６０多年历史的昆明植物园总面积４４公顷，是一个以引种云南名贵花卉、云南xxx、云南重要树木和云南珍稀濒危植物为主要内容的活植物收集园。现已收集植物近４０００种，设有１０个专类植物园。
一、茶花园
茶花园占地150余亩，为我国{zd0}的茶花专类园，共引种栽培了云南山茶、华东山茶、金花茶、茶梅等200多个品种15000多株。茶花园分为云南山茶品种区、华东山茶品种区和茶花生态区三部分，从1992年2月成功举办"中国第二届茶花展览"至今，已连续9年举办"云南山茶花展览"。"鸣凤山茶"已成为昆明新十六景之一。
二、杜鹃园
杜鹃园占地60亩，共引种栽培了云南产各种杜鹃花近百种，10000余株。全园分为映山红与锦绣杜鹃区、马缨花区、露珠杜鹃区、常绿杜鹃区以及烨煌园。杜鹃课题组开展了中海拔杜鹃的引种实验，杜鹃园已成为另一个具有广泛影响的专类花园。
三、温室区
温室花卉区占地30亩，其中温室建筑面积约3000平方米，分为中心温室（包括兰花馆、观叶植物馆、花卉馆）、秋海棠馆、热带植物馆、棕榈馆、仙人掌及多肉植物馆。温室花卉课题组深入到西双版纳、广西、广东、福建等地引种了各类温室植物和室内、室外观赏植物近千种。
四、树木园
树木园占地150亩，包括木兰园、蔷薇园、竹类区和珍、稀、濒危植物区等，其中木兰园共引种栽培了云南产的山玉兰、麻栗坡含笑、红花木莲、滇藏木兰等木兰科植物60余种。
五、蕨类园
蕨类植物园占地50余亩，共引种栽培了云南的桫椤、凤尾蕨、大理碎米蕨、毛兰铁线蕨、光叶凤丫蕨、大羽短肠蕨、毛蕨、尖叶铁角蕨等蕨类植物400余种，全园分为蕨类品种区和蕨类生态区两部分。
另外，兰圃占地面积15亩，共引种栽培了云南兰科植物150种。
园内有一条银杏和枫树组成的林荫大道，每到深秋时节，黄叶飘飞、红枫似火，景色令人陶醉。
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