食用菌菌种分为一级种（母种）、二级种（原种）、三级种（栽培种）。栽培者应根据自己的实际能力、条件决定引进哪一级菌种。不管引进哪一级菌种，都应从以下几个方面考虑。
菌种选择菌种的好坏是食用菌栽培成败的关键。由于菌种同当地的气候、栽培原料、市场需求等都具有直接的关系，栽培者必须先了解清楚，然后才能决定所引的菌种。同时注意南北菌种的差异，有条件的应实地考察，看好了再引种。
先试验，后大面积栽培不管引进的菌种如何，都应做小面积出菇试验，认为是本地理想的菌种，再进行大面积栽培。这样可以观察该菌种的特征特性、适应性、抗逆抗杂性等，减少损失。
了解菌种代数引种时，一定要向菌种生产厂家、单位了解菌种的代数。因为菌种代数的多少是影响食用菌产量和质量的关键，代数越多菌种质量越差。代数鉴别：从组织或孢子分离到培养基的试管为{dy}代母种，以后每转管一次为一代，母种以第二代、第三代较佳。母种转接到瓶内为原种，原种接种到菌袋内为栽培种，可直接用于栽培生产。
环境与原料不同的环境，不同的原料配方也会引起菌种的变异，这是栽培者在生产中必须注意的问题。
