EOL网络生命大百科系统介绍- 缤纷多彩的植物信息世界- 博客园

网络生命大百科全书(Encyclopedia of Life: ,简称EOL )是{swql}的科学研究群体和公众共同合作的网络信息共享平台。其目标是为所有人提供xx免费获取的有关世界生物有机体的知识。任何人都可以通过登记注册成为EOL的成员,向其提供生物物种的文本、图片、多媒体、评论或标签等信息。EOL专门的专家管理系统来保证从各个研究项目、个人所提供数据的质量。目前已经有超过40多个研究组织加入了EOL系统。为了加强EOL信息从类群和生境方面的覆盖度和深度,最近它们又发起了海洋生物物种专题项目,目标是在未来的5年内完成世界海洋生物物种80%的信息和数据。通过研究人员和公众的共同努力,我们有理由相信它将会成为世界上{zh0}和最有影响力的生物多样性信息系统。EOL是一个xx开放和共享性的生物多样性信息系统。

EOL承诺以最小的限制条件提供给用户xx自由使用的信息。这是通过知识共享许可协议(creative commons license)来实现(简称:CC协议)。知识共享协议的含义是,比如:当一个网友把他的原创作品上传到EOL的图片管理中心,他就可以在一个自由内容许可协议下实现对其作品的自由而广泛地传播,其他网友可以自由的复制、传播、进行再创作、演绎该作品,但使用者必须按照作者指定的方式对作品进行署名,且在传播该作品时向他人清楚地展示许可协议条款。采用知识共享许可协议,在让作者得以自由安排作品的著作权利的同时,将促进作品的合法分享、演绎、合法再使用(share, remix, reuse-legally),这不会排斥,反而有利于作者的作品得到著作权法以及其他相关法律的更好的保护。同时,EOL也承诺在其门户上展示的所有数据都必须清楚的标明所有信息和数据的来源,并且鼓励和要求使用者引用这些信息和数据的原始来源。

EOL项目的生物多样性信息学小组(Biodiversity Informatics Group)负责EOL网站和相关信息工具的开发和维护。这个小组与数据提供者保证紧密合作,无缝集成大量网站的物种信息到EOL的物种页面。他们也正在开发一些新的信息工具来捕获、组织和以新的方式展现生物多样性知识。EOL门户的原型系统在2008年1月发布后,EOL项目组重新改善了系统运行的软硬件环境。并在2009年2月发布了增强的系统。通过与欧洲分布式分类学协会开放的的Scratchpad合作,EOL还设计了一个供专家使用的在线数据管理工具-LifeDesk。LifeDesk能够加速专家知识的搜集和科学管理。通过点击物种各项数据的版权信息和自动提交数据工具。EOL还致力与语义环境下全球名称体系的建立。其目的是促进机器与机器间对物种名称信息相关联的识别和信息交换。这个小组的{dy}个项目全球名称索引将促进名称按照命名学和分类学目的规范使用,更重要的是它能够使我们有效的组织和管理有机体的其他信息。

一、数据来源和审核

EOL门户的物种数据是通过(物种)内容合作伙伴(Content partner)的形式,由个人、组织或研究机构来提供的。通过签署相关协议,合作伙伴与EOL的具体工作小组保持紧密联系,提供有明确的数据来源和授权使用协议的的物种信息,由EOL门户网站来展示相关物种信息。合作伙伴所提供的数据可以是在线的数据库系统,也可以是像文本、电子表格等的平面文件。在提交数据前,合作伙伴需要通过EOL门户进行注册登记,完成注册成员的审核后,EOL将提供给注册用户相应的权限来提交、管理自己的数据。

EOL的数据目前来自43个合作伙伴,内容覆盖了物种名录、数字化标本、图片、物种的保护信息、生活史甚至电子期刊等多个方面(表1)。这些合作伙伴都有它们自身的网站和数据库系统,EOL并没有收集这些网站上的所有内容。而是根据EOL物种内容架构(Content Schema)标准从这些网站“定制”所需要的物种信息,并周期性的从这些合作伙伴的系统更新相应的物种信息。

1. EOL目前的合作伙伴(Contentpartners)

对于加入了EOL合作伙伴的信息系统来说,你只需要做的工作就是在其门户网站进行注册。在EOL门户注册作为合作伙伴后,你就可以通过在线方式提供你的数据。注册过程必须要填写的是合作伙伴的名称和联系人。这样EOL的小组联系人可以联系你商讨进一步详细的数据提交和合作内容。另外,作为合作伙伴,你并不需要提供你所有的数据信息,而是按照EOL的内容架构来整理已有数据的格式。但作为合作伙伴,你必须遵守知识共享协议的要求。

EOL门户提供了一套比较完整的机制来处理来自个人、组织和研究项目的物种数据。它通过对注册用户的分级管理,实现对数据来源、数据质量和是否适合发表等信息状态进行控制,用不同的颜色背景来标记不同审核状态、数据质量的单个信息内容。

EOL门户上的物种数据包括四种主要数据类型:1、动态图像(Moving Image):例如动画、电影、电视节目等动态;2、声音(Sound);3、静态图像(Still Image):例如绘画、素描、平面设计图、地图等;4、文本(Text)。因此,任何用户都可以向EOL提交物种这几种格式的数据。

如果你是一个个人用户,希望提供某种生物的文本描述某些物种信息,你可以通过的通过点击EOL门户上物种页面的添加按钮,或者在物种信息列表栏左下角的添加链接(图1)。新添加的文本开始都会被黄颜色的背景标记(图1),这表明这些信息还没有得到专家的审核。在你提交数据后,物种页面管理员(专家)将对你所提交的信息进行审核,并且根据你所提供内容的情况确认其质量及其是否适合正式发布。

 

1. 向物种页面添加信息按钮和链接,物种信息没有得到专家审核的状态 

EOL欢迎所有提供图像和多媒体信息的提供者。最简单的方法是把你的图片和多媒体数据提交到Flickr网站的EOL图片组Encyclopedia of Life Images。需要注意的是向Flickr提交的图片必须是你自己拥有的,而不是从其他网站或其他地方获得的。EOL门户的数据采集程序将定期检查图片小组上的数据,并且更新EOL门户上的数据。近来,EOL门户也开始从采集图片信息。因此,用户也可以向提交图片。刚采集的图片信息在EOL上会以黄颜色的背景标示,标明这些图片还没有经过专家的审核。如果这些图片质量比较好,并且鉴定准确,没有其他信息共享问题,稍后专家管理员将对这些图片进行审核和认证,然后把它们放入已经审核和认可栏目。

2. 用户可以提交对物种各项信息内容的评论、标签和查看详细版权信息 

如果你是一个专业的研究人员,你可以在EOL网站注册成为EOL某个类群的管理员。即使你不是一个受过专门训练的专业人员,你也可以通过添加对物种信息内容、图片添加评论,提出问题来表达你的看法。这样,物种页面管理员,信息提供者,浏览网站的人都可以看到这些信息,并对你的这些评论和问题发表意见。因此,这将是一个非常好的表达自己观点,并且得到其他人帮助、反馈,获得更多信息的方式。通过添加标签(对EOL上所有的信息进行关键词分类),可以是其他使用EOL网站的人能够快速找到他所需要的信息(图2)。

EOL对所有潜在的贡献者都是开放的。作为管理员,你应该有能力挑选{zh0}的数据。目前,EOL的管理员系统还处在测试使用阶段,你可以在EOL上注册,申请成为页面管理员,提交你的详细个人信息,这样EOL会对你的背景和资质做出评估。如果你已经在EOL注册了用户名,你也可以修改你的个人资料,申请获得管理员的权限。一旦确认你作为页面管理员,你就有权利对其他人提供的这些类群资料和信息进行审核,确认那些数据是可信的,质量比较好的,把那些错误和不正确的信息剔除掉。管理员的这些工作和贡献最终以物种页面信息的编辑人身份得到认可,也就是说,这些最终由你确认和整理的物种页面信息你是“编著者”。有关详细的管理员信息,可以阅读管理员网络计划的说明。

如果你是一名一名专业研究人员,希望能够有一种方式或工具来帮助我管理我所研究类群的物种信息。EOL小组目前提供了一个工具叫LifeDesk帮助您完成相关任务。这个工具可以帮助你关了图片、文本、分类树、文献等信息。并在它可以非常方便的向EOL提交数据。

如果你是一名专业研究人员,希望不仅仅是作为数据内容合作者,而是希望成为EOL项目的贡献者。你可以加入EOL的伙伴基金项目(Fellows Program)。这个项目定位与让博士后研究人员,研究生通过他们自己的研究项目来向EOL提供物种信息,并且从他研究相关的活动中获取更多物种信息。详细情况可以阅读项目的说明。

区域网络生命大百科(Regional EOL)是EOL全球计划的有机组成部分,它主要以该地区使用的语言来提供这个地区的动植物种类的相关信息。区域性EOL可以由对这个地区有研究项目、基金支持或者是研究计划的组织来发起。这个组织应该有能力组织当地的一些研究机构或单位进行合作,担当起组织者的角色。这个组织将负责区域EOL的经费支持和项目的具体执行。区域性EOL项目目前有好几个,它们或者是正在商讨之中,或者是已经开始在着手实施,例如:中国区域项目,荷兰区域项目,中美洲区域项目,阿拉伯和南非区域项目

二、 数据结构

EOL门户网站由三个相互独立但共享部分表数据的数据库支持(图3)。三个数据库分别对应三个大的功能模块:1、门户的内容系统;2、物种数据系统;3、用户登录管理系统。门户的内容系统主要包括网站所发布的新闻、通知等;物种数据系统就是核心的物种数据,包括物种的学名、分类、地理分布、形态描述、图片和地理分布等;用户登录系统主要用于管理在线注册用户,实现用户不同角色的分配(例如:物种页面管理员,物种内容的创建者等),以及用户访问EOL网站的情况的统计和分析等。由于EOL门户采用Ruby On Rails框架和MVC(Model-Views-Controller)模式开发,因此EOL门户一般会有三组数据结构和信息xx相同但用于不同环境的数据库。三组数据库分别用于生产环境(Production)、开发环境(Development)和测试环境(Test)的数据库,数据库的命名规则是:eol_<数据库名称>_<Rails的运行环境>(表2)。

3.  EOL门户系统的数据库组成 

 

 

2. EOL门户的数据库系统和功能 

数据库应用环境 

数据库命名 

对应功能模块 

数据表数目 

  1. 1.     生产环境(Production)

eol_production

内容管理系统

27

 

eol_data_production

物种数据系统

83

 

eol_logging_production

用户登录系统

13

  1. 2.     开发环境(Development)

eol_developement

内容管理系统

27

 

eol_data_ developement

物种数据系统

83

 

eol_logging_ developement

用户登录系统

13

  1. 3.     测试环境(Test)

eol_test

内容管理系统

27

 

eol_data_test

物种数据系统

83

 

eol_logging_test

用户登录系统

13

 因为EOL门户最主要的是处理物种页面数据,因此下面着重介绍EOL的物种数据库的结构。该数据库由83张数据表组成,其中包括了许多用于数据表间关联的关联表,这些表并不存储实际数据,仅仅保存表间一对一或一对多的关联信息(图4)。EOL的物种数据库根据数据关系可以归纳为6个逻辑上相互联系的核心部分,相互的关联关系体现在10张表的关系中(图5),这6个主要的逻辑成分分别是:1、代理人(Agents);2、资源(Resources);3、分类群(Taxa);4、数据对象(Data objects);5、数据采集事件(Harvesting events);6、名称和分类树信息(Names and Hierachies Schema)(图6)。下面分布介绍这些数据成分的含义。

4. Eol物种数据库结构 

 

5. EOL物种数据库的10张核心数据表及其结构 

6. EOL物种数据库的核心数据逻辑结构 

 

  1. 代理人():指向EOL门户提供相关信息资源的个人、机构、组织或信息系统的开发者。这些代理人又可以属于若干个不同的角色(Roles)。例如:数据的创建者、数据编辑人、照片的拍摄者等;
  2. 资源():资源是指有物种数据合作伙伴提供的有关分类群的信息集合。它的的具体信息包括:元数据说明,分类群的类别;文件的链接地址;数据的格式;数据更新的频度;数据采集完成后是否自动公开发布;数据内容是否自动标记为已经经过审核;资源的目前发布前的处理状态等。例如:对注册成为合作伙伴的系统,EOL定期通过技术手段来收集这些合作伙伴已经更新的物种信息,EOL会对这些更新过程中的数据资源根据其处理过程标记为:正在上传,已经上传,上传失败,文件已经传送到内容服务器,数据已经经过验证,数据验证失败,数据正在采集,数据采集完成,数据采集失败,数据已经发布;
  3. 分类群():分类群表按照内容架构()的标准和要求存储分类群信息。该表中的内容有些事是通过数据采集过程直接映射过来的。每一个分类群有许多的俗名(Common Names)、参考文献和数据对象。为了方便数据库表间信息对应和关联关系的建立,分类群表对每一个分类群分配一个GUID{wy}信息标示符。GUID的作用作为分类群的元数据标示能够在分类群缺乏统一标示符的情况下,系统仍然可以通过GUID来保证信息更新和数据整合过程中的流畅;
  4. 数据对象():描述一个分类群的文本或者是多媒体信息条目。主要用于对文本型数据内容的信息分类,虽然主题在XML架构中并不是强制性必须的内容,但是如果没有对文本型的描述内容进行主题分类,那么该内容将不会显示在EOL门户的页面上。这些主题分类主要用户将这些文本型的描述内容对应到物种信息的主题(Subject)类别,比如形态特征描述、地理分布、染色体、DNA信息等。主题的分类是采用TDWG(Taxonomic Database Working Group)在SPM模型(Species Profile Model)中所使用的标准,该主题分类详细信息如表3所示:

3 EOL物种文本描述信息的分类标准和说明 

序号 

主题术语 

解释和说明 

1

关系

Associations

描述捕食者-被捕食者;寄主-寄生虫;传粉,共生,互惠,共栖,杂交等生物相互关系的信息

Predator‐prey; host‐parasite, pollinators, symbiosis, mutualism, commensalism;hybridisation, …

2

行为

Behaviour

描述生物有机体对生物或非生物环境的反应

Covers actions and reactions of organism in relation to its biotic and abiotic environment.

3

保护状况

Conservation Status

描述物种目前或将来面临绝灭的可能性

A description of the likelihood of the species becoming extinct in the present day or in the near future.

4

周期性

Cyclicity

描述物种周期性的特征,比如物候

A state or condition characterised by regular repetition in time.

5

细胞学

Cytology

描述物种的细胞生物学,例如结构,功能等

Cell biology  formation, structure and function of cells.

6

特征摘要

Diagnostic Description

描述物种与其相似物种的区别性特征

Distinguishing feature of this taxon from its closest relatives.

7

疾病

Diseases

描述物种的疾病危害

Diseases of organisms.

8

散布

Dispersal

描述物种的散布策略和机制

Dispersal strategies and mechanisms.

9

分布

Distribution

描述物种按行政区域或生物地理区域界定的地理分布范围,

可以是全球性分布,也可以是局部尺度上的分布情况。

Covers ranges, e.g., a global range, or a narrower one; may be biogeographical,political or other (e.g., managed areas like conservencies); endemism; native or exotic; ref Darwin Core Geospatial extension

10

演化

Evolution

描述物种的系统演化信息

Phylogenetic information relating to the taxon

11

一般描述

General Description

广泛描述物种的综合信息

A comprehensive description of the characteristics of the taxon.

12

遗传学

Genetics

有关物种的遗传信息,包括染色体信息

Including karyotypes.

13

生长

Growth

描述物种的生长速率,参数等

Rate; parameters; allometries.

14

生境

Habitat

描述物种的栖息环境,包括地表分类(陆地,海洋)以及气候条件,忍耐幅,水平和垂直梯度上的特征

Includes realm (e.g. Terrestrial etc) and climatic information (e.g. Boreal); also includes requirements and tolerances; horizontal and vertical distribution.

15

立法

Legislation

描述有关该物种的立法情况

Legal regulations or statutes relating to the taxon.

16

生活周期

Life Cycle

Obligatory developmental transformations.

17

寿命

Life Expectancy

描述物种的平均寿命

The average period an organism can be expected to survive.

18

相似物种

Look Alikes

描述与该物种相似的其它物种。例如在入侵种群落中

Other taxa that this taxon may be confused with. Common in invasive species communities.

19

管理

Management

描述与物种的立法相关的管理情况,比如:CITES名录

A statement about the level of need to manage a taxon which can be related to a piece of legislation, e.g., a CITES list.

20

迁移

Migration

描述物种定期从一个地点移动到另外一个地点的情况,例如:动物繁殖期间的移动

Periodic movement of organisms from one locality to another (e.g., for breeding).

21

分子生物学

Molecular Biology

描述物种的基因,蛋白质,生物化学(例如:毒理)

Includes genomic, proteomic and biochemistry (e.g. Toxicity).

22

形态学

Morphology

描述物种的形态特征(也包括解剖特征)

The appearance of the taxon; e.g. Habit; anatomy (the branch of morphology that deals with structure of animals).

23

生理学

Physiology

描述物种的生理学过程

An account of the physiological processes.

24

居群生物学

Population Biology

描述物种的丰度信息

Includes abundance information.

25

Procedures

Deals with how you go about managing this taxon; what are the known threats to this taxon?

26

生殖

Reproduction

描述物种的生殖策略、信号和限制条件

Reproduction cues, strategies, restraints.

27

风险评估

Risk Statement

描述物种的入侵风险、影响

Includes invasiveness, impacts.

28

体积

Size

描述物种的体积,例如周长,长,体积,重量

Average size, max, range; type of size (perimeter, length, volume, weight ...)

29

分类群生物学

Taxon Biology

描述分类群的生物学特征

An account of the biology of the taxon.

30

威胁

Threats

描述物种面临的威胁

The threats to which this taxon is subject.

31

趋势

Trends

描述物种的居群是否稳定?是在增长还是下降等信息

An indication of whether a population is stable, or increasing or decreasing.

32

营养策略

Trophic Strategy

描述物种的食物网中的位置,食物偏好

Include nutritional aspects, diet, position in food network.

33

用途

Uses

描述物种与人类利用的关系:参考“经济植物”

Relationships to humans; ref Cook “Economic Botany”

 

  1. 数据采集事件:

 

  1. 名称和分类信息

 

三、 数据流程

EOL门户的物种数据是通过一个Harvest机制来实现的。该过程由EOL系统管理人员进行定期设定向物种数据合作伙伴进行数据采集,基本的过程包括XML资源文件等等生成和提交,XML文件的校验和数据传输三个主要步骤,各个步骤又包括若干数据处理的细节问题。(图7)

  1. 生成XML资源文件

 

  1. XML文件的验证

 

  1. 数据采集(该过程又包括如下的数据处理环节)

3.1 数据传输前的配置和运行环境清理

3.2 解析和处理XML文件

3.3 处理分类群数据

3.4 处理分类群的数据对象

7EOL门户整合物种数据合作伙伴的模式和效果 

四、EOL的开放环境和用户体验

4.1 开放环境

与其它专业性的生物多样性信息系统不同的是,EOL及考虑到专家用户(Expert users )对数据和信息需求的科学性、准确性,也考虑到一般公众(General public)甚至小孩(Children)对科学知识的趣味应用和普及。而且EOL拥有空前开放的使用环境,它允许任何个人对网站发布的信息进行评论,并且非常注重用户的使用体验。

EOL的开放环境体现在开放的数据来源和开放的存取2个方面。数据的来源是一个“百科全书”式的生物信息数据库所面临的首要问题。EOL计划在10年内完成180万已知物种的信息,即平均每天近500个物种。要想实现这一目标,就必须建立一套高效的数据来源机制。

数据的存取也是一个重要的问题。知识的最终目的在于促进科技进步和社会发展,这个目的的实现需要科学研究的繁荣,而科学研究需要在总结前人研究成果的基础上取得进步。这就要求科学信息便于取得和使用。但是目前的现实状况是,科学信息的可获取性仍然不能令人满意。EOL的理念之一就是让任何人在任何时间、任何地方都可以免费访问和获取信息。

EOL的数据来源主要包括科学家、研究机构以及个人和组织,其中个人和组织来源的数据是EOL的一大特色。EOL的这种开放的数据来源是空前的,既有来自EOL合作的科学家和研究机构的数据,也有来自全球的科学家、生物学爱好者、工作者,以及具有物种各方面知识的所有人。并且EOL有一套行之有效机制保证数据的准确性,可以说是生命科学信息数据库的一次革命。EOL与来自全球的科学家和研究机构合作,由专家提供数据来源。包括文本、照片、地图、视频、系统树等等。此外EOL还整合了“生物多样性传统图书馆BiodiversityHeritage Library(BHL)”多达数百万页的生物学文献的链接。以往这些文献多数存放于北半球的一些研究机构中,公众和科学工作者都很难获取。EOL的出现,打破了大量生物科学文献的许可障碍、价格障碍和地域障碍,可以预见将会极大地推动全球生物科学的进步。

任何个人和组织都可以向EOL提交数据,包括文本、照片、视频、系统树,甚至数据库。但是这些数据会由专家把关,以保证其准确性。个人和组织可以由以下2种途径提供数据:1. 某个类群的专家可以申请成为管理员(Curator)。在成为某个类群的管理员后,可以审阅和鉴定其他用户提交的数据。当然,管理员也可以自己提交数据。2. 一般公众和组织也可以提交数据,并且他们提交的数据可以实时地被访问。但是系统会提示该数据是否已通过管理员的审核,从而保证用户能够使用准确的数据。EOL是全免费访问的,其理念是:在全世界的任何时间、任何地点,都可以不受限制地访问EOL,并且获取用户感兴趣的资料。当前科学工作者和公众接触科学信息主要面临3个障碍:1. 科技信息的访问方式不为人知或检索困难。目前关于物种的信息来自全球不计其数的数据库、书籍和期刊,即使熟练的研究人员也常常会为信息检索而头疼;2. 科技期刊出版市场为出版商所控制,科技期刊价格不菲,经济的因素常常拒人于科学信息大门之外;3. 使用科学信息可能受到诸多的限制。比如作者并没有留下有效的联系方式,用户想使用信息,却无法联系到作者;而未经作者同意使用则可能被起诉。对于科学工作者和公众接触科学信息所面临的这3个层面的问题,EOL都在现有技术和法律地条件下,{zd0}限度地给予了解决:

  1. EOL涵盖了关于物种的全面的科学信息,包括形态学、系统学、生态学、保护生物学、生物多样性、生理生化等全面的资料,并且整合了“生物多样性传统图书馆(BHL)”多达数百万页的文献资料链接,无论科学工作者还是普通公众,通过使用EOL都可以节约大量的检索时间;
  2. EOL的访问是全免费的。获取信息不再有经济障碍;
  3. EOL的每条信息都清楚地注明信息来源、作者、版权信息以及许可的共享方式。

EOL执行知识共享协议(Creative Common License, cc)3.0版本。具体来说,EOL的共享方式分为5个等级:Public domain(无限制);by(署名);by-sa(署名;相同方式共享);by-nc(署名;非商业;相同方式共享);by-nc-sa(署名;非商业;相同方式共享)。其中后4种共享方式引自“知识共享协议”。EOL的每条信息都要求清楚地注明信息来源、作者、版权信息以及许可的共享方式,用户在使用、引用、修改来自EOL的数据或进行其他用途时,都能够得到相关法律的提示。这样既能有效地保护版权,也为用户使用信息提供了方便。

4.2 用户体验

EOL的一个重要理念是:通过网络信息技术为世界生物物种信息的获取提供“一站式购物(one stop shopping)”,即只访问EOL这一个网站即可获取关于物种的全面信息。虽然目前EOL关于很多物种的资料还不够全面,但从已完成的页面来看,信息非常丰富,每个页面都可谓是该物种的一部专著。即使在资料不完备的种类中,也有大量来自“生物多样性传统图书馆(BHL)”的扫描文献的链接,用户可以免费查到关于该物种的很多文献,而这些文献往往是较难收集的。同时,EOL是一个用于科研、教学、传媒、管理等多个不同领域的数据库,用户包括科学家、教师、学生、政策制定者、家庭等等。完善的用户体验开发会对EOL的推广将会是至关重要的。EOL完善的用户体验设计主要体现在3个方面:用户参与,便捷易用和视觉享受。

绝大部分科学信息数据库是不允许一般用户参与的。因为从客观上讲,参与的用户太多,信息的准确性和可靠性便难以保障,因此我们在使用数据库的时候通常都是“置身事外”的。而在EOL中,情况有了根本性的改变:用户只要对某个物种的某一方面有所了解,就可以写进EOL。用户提交的信息会注明作者、来源和版权信息等;并且管理员(Curator)没有权利修改用户提交的内容,只有权利表达审核通过或者不通过。这有效地保护了用户的著作权,让用户有一种“当家作主”的感觉。另外,如果用户有某个物种的照片或者视频等,也可以上传。

数据库是很少允许用户评论的,而EOL则允许每个用户评论,用户的评论会显示的“comment”中(图8)。通过评论的功能,用户也可以帮助鉴定物种图片。

 图8. 评论物种和图片;添加标签

用户可以对某个物种添加标签(图8),标签可以是对该物种的任何描述。如果有其他用户也添加了同样的标签,则该标签就会被显示在页面上(图9)。EOL还有一个很有用的功能:搜索标签。比如用户在浏览了某个物种后加入了一个“标签(tag)”(图8),以后用户还想找到这个物种的页面,就不用记住学名,只需要查找自己添加的标签。添加标签功能还有着巨大的潜力:这是一种更为灵活、有趣的图片信息分类方式。用户可以按照自己的方式对图片进行分类,比如添加“红花”、“白花”、“陆生”、“水生”等标签。还可以结合“搜索标签”的功能,找到其他用户按某种方式进行分类的图片。可以想象,这对于初学者和生物学爱好者来说,会是一种全新的体验!

9. 添加标签以及公开显示 

EOL有一个氛围宽松且有效率的论坛。与大多数科学数据库的论坛不同的是,EOL的管理员会认真阅读网友的留言,并且快速作出反应。例如EOL曾经有这样的一个设计:在每个页面,用户都可以通过拖动一个工具条,来选择显示该物种的主要信息或是全部详细信息。其实这个设计很有创意,照顾到了专业人士和非专业人士两方面的需求。但是论坛上有很多网友认为这个工具条并不实用,只是好看而已,于是EOL就取消了这一设计(但是仍然可以在“Preference”里面设置使用这一功能)。在“网友”已经成为一股不可忽视的力量的今天,一个有效听取用户意见的论坛,既可以提高用户参与EOL的积极性,又可以在很大程度上帮助EOL的建设。

EOL博客是工作人员们讲述自己在工作中的趣事和感受的平台,图文并貌,非常有趣。不少网友看了过后,深深被EOL的工作所吸引,发表评论说希望加入。博客大大拉近了EOL与普通民众的距离,让普通民众了解了科学家的日常工作和生活。

图10. 书签工具

EOL设计了便捷的书签功能。其实“书签”只是个简略的说法,它的功能比书签要强大很多(图10)。它可以帮助用户收藏大量的页面,并且整合了很多流行的网络工具,读者可以根据自己的习惯,用不同的工具来添加书签。另外还有许多其他的功能,例如用户可以打印页面或以电子邮件发送页面等等。最独特的是,用户可以自己添加新的工具按钮!这样用户就可以根据自己的习惯和喜好,快速进行某个操作。

许多网站都有若干的语言版本,但是对于全球大部分的人来说,仍然会存在语言障碍。EOL整合了“Google Translate”,较好地解决了这一问题。例如将一个页面翻译成中文,系统数秒钟内即可完成(图11)。有了这个功能,对于全世界大多数人来说,访问EOL都不会存在太大的语言障碍了。


图11. 使用“Translate”功能翻译后的一个页面

几乎所有的数据库都不会允许用户自由提交数据,而EOL以开放的姿态面对全球的用户,任何用户都可以提交数据,包括文本、图片、视频等等,他们提交的数据也都可以实时地被访问。那么EOL如何保证用户能有效甄别可靠的和不可靠的信息呢?如图12所示,未经管理员审核的数据会高亮显示。这样,用户在浏览时对于可靠的和不可靠的信息,就一目了然了。

图12. 高亮显示未审核的数据

EOL的搜索方式分为3种:1. 搜索物种名。同时支持学名和俗名搜索,非常人性化。2. 搜索标签。这也是EOL极具特色的地方,例如用户在浏览了某个物种后,可以加入一个“标签(tag)”(见图8),以后用户还想找到这个物种的页面,就不用记住学名,只需要查找自己添加的标签就行;3. 搜索全文。即搜索物种页面中的任何单词。可以说,在目前已有的科学信息数据库里,EOL的搜索方式是最便捷和最灵活的之一。

系统树(phylogenic tree)是对生物类群系统发育关系的一种图解表示,可以帮助用户直观地了解物种之间的分类和进化关系。EOL的系统树设计非常人性化:1. 用户可以选择显示所有类群或者只显示某些类群。这样就能根据自己的需要和喜好寻找物种,比如可以只浏览“爬行动物”的系统树。2. 可以选择文本结构(图13)显示或者图形结构(图13)显示。3. 详细资料的物种名蓝色(图13)显示,暂无资料的物种名灰色(图13)显示。而且,系统树可以选择用学名(图13)或者俗名(图13)显示,这是一个独创性的设计,适应了不同用户群的要求。

13系统树的人性化显示

RSS(Really Simple Syndication)是目前应用很广的用来追踪网站更新内容的工具。用户只需在EOL主页点击“RSS”按钮订阅,即可在EOL更新后{dy}时间阅读{zx1}的内容。

14. 3D影院式浏览EOL

 

EOl页面简洁明快,条理清晰,通过分栏式的设计,让用户对于每个部分的内容都一目了然。避免了用户在访问科学数据库时常有的一种头晕的感觉。在结构布局上EOL也很有特点:通过“内容列表”等分栏式设计,使用户可以在一个页面中浏览某个物种的所有信息,而不需要进入或新建多个窗口,为用户浏览带来了很多方便。

Cooliris是一款可以对大量图片进行3D影院式浏览的插件。用户只需点击浏览器上的RSS media按钮,即可观赏该页面上的物种照片和视频;也可以通过Flickr里的EOL group观赏海量EOL物种照片。对生物影象感兴趣的用户可以得到很好的视觉享受(图14)。

网络资源参考:

  1. 知识共享@中国大陆项目主页:
  2. 百度百科MVC开发模式简介:
  3. 维基百科MVC开发模式简介:
  4. MySql数据管理系统主页:
  5. 网络生命大百科全书:g

 

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