留存今世的清朝中央机构历史档案中，有一部分为皇室问疾治病的脉案和用药xx，这些医疗档案文献的最初形成者，就是当年清朝的宫廷医疗机构——太医院。
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设立于顺治元年（1644年）的太医院，历经清宫十朝，一直主掌宫廷医疗之事。初设时，置院使一人，左、右院判各一人，以掌院事。后于乾隆五十八年（1793年）又特简管理院事王大臣一人领院务。院判以下属官数额，历代多经添裁，至光绪年间为：御医十三人，吏目二十六人，医士二十人，医生三十人。职官品秩原定为：院使正五品，院判正六品，御医正七品，吏目八、九品各十三人。至宣统元年（1909年），经时任院使的张仲元疏请，晋院使以次各官品秩为：院使正四品，院判正五品，御医正六品，吏目八品改为七品，九品改为八品。职官中除管理大臣为满族官员外，其余均为汉员。
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为使医官素质能维持在较高水平，太医院规定，倘有员缺时，除院使由左院判升补，左院判由右院判转补，右院判由御医升补外，其余御医、吏目、医士出缺，均要经考试择学业医术精良者按级递升。对初进院的医生，须是通晓医理并身无过犯者，并要自取同乡京官印结后，赴太医院具呈报明验看；再取本院医士、医官保结，由院官面试，认为确属医学可造就者，方才准其在院学习候试。待医生缺出，再经考试顶补。太医院设有教习厅，选品学兼优的御医、吏目任教习，将初进院医生和医官子弟均送入学习。到同治六年（1867年）又设医学馆，于每年春秋二季对医士、医生、学习生进行考试，并根据成绩列出等级，准备按名升补。每隔六年，还要会同礼部举办大考。吏目以下人员均须参加。由院官考核每人的文理、医学等科目，分别去留，列出等级，并咨行吏礼二部注册备案。若医官因重病不能效力时，经院官验实可奏准告退，病愈仍补原缺。如发现推诿托故不归而在外行医者，严加议处。
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太医院内的医疗部门，最初分为大方脉、小方脉、伤寒、妇人、疮疡、针灸、眼科、口齿、咽喉、正骨、痘疹共十一科。后咽喉并入口齿，痘疹并入小方脉，成为九科。至光绪年间，伤寒、妇人并入大方脉，疮疡改为外科，针灸、正骨停办，成为大方脉、小方脉、外科、眼科、口齿五大科。院内各医官平时习业，皆须专精一科。
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太医院的职掌。首先是为皇室服务。平时，院使、院判要率所属医官，各以所专之科，分组值班，次序更代，随时恭候传唤，称为“侍直”。其中在宫内值班者，称“宫值”，值于御药房及各宫外班房。在外廷值班者，称“六值”，值于外值房。皇帝驻跸圆明园时，“宫值”者值于圆明园药房，“六值”者值于圆明园外值房。
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遇有皇帝外出巡幸各处，太医院医官自然要随驾扈从。人员有时是奉旨特派，有时是按班次轮委。在雍正四年（1726年），皇帝曾颁谕旨，说是太医院医官先年外出，甚是清苦，嗣后随行出外，应予以优给。之后即定为，凡在随行出外时，堂官一人给帐房一架，行李车一辆，马四匹，每日给盘费银三钱。医官等每人给马三匹，每日各给盘费银二钱；三人共给帐房一架，行李车一辆，拨马甲二人看守车马。如四人时不添给帐房车辆。如五人时添给帐房一架，车一辆，马甲二人。这些措施，保证了医官随扈时基本的生活待遇，以便他们能更好地随时为皇帝提供医疗服务。
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若遇有皇帝生疾，医官要敬供其职，前往把脉诊视。开具xx后，须与太监一起到御药房取出xx，再联名签字包封。然后再另具奏本，开载本方药剂性能和xx之法，在文末日期之下医官与太监再次联合署名后，才能将xx、药剂和奏本一同进呈。太监收到后，还要随即登记簿册，日期之下仍要由医官第三次签名，并交太监收掌，以凭查考。备药如此复杂，煎药亦很纷繁。每逢煎调药剂，必要在医官和太监的共同监视之下，二服合为一服同煎，煎好后一分为二先将其中一服按御医、院判、太监的次序分别品尝之后，再将另一服进呈皇帝服用。若奏明将xx交御药房按方煎调者，则统由御药房办理。如发现所煎调药剂与xx有所不符，或封题有所错误的，皆要以“大不敬”论罪。“大不敬”属清代“十恶”之一，十恶皆为不赦之罪。在高度中央集权封建专制统治下的清朝，小小的医官若在皇帝面前犯下“大不敬”罪，其悲惨的命运那是可想而知的了。
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太医院还有时奉皇旨派医官外出视疾。若遇王公暨文武大臣请医视疾时，或是皇帝特派侍卫带同本日值班医官前往，或是由院奉旨直接遣医官前往，均须在归来后立即将病人所患病情及xx情况具奏。若遇外藩公主额驸暨王公台吉请医时，太医院奉旨前往诊视者，则需在御药房支领所需药材，携带备用，归来时核销。若军营需医，太医院奉旨先由礼部先委二人，并由兵部官一人送至军前。其随征医官，如发现私以庸医充代者，严加议罪。若逢文武会试及顺天乡试之时，则由礼兵二部或顺天府向太医院各咨取医生二人入场供事。一般是遴选通晓医理的大方脉科和外科各一人申送委用。在刑部监狱，则由太医院选派医生二人常年驻扎，每月发给药价银米，效力满六年回院时升授吏目。
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太医院用于储药的药库，设管理药库委官二人，于医士内选委，二年一轮换，专管办买药材。各省出产药材之地，每年都要解送缴纳药材，交生药库收储，并由管库官员验其优劣。生药库初时曾归礼部管理。到顺治十六年（1659年）改归太医院职掌。次年选院官一人兼摄库务，并颁给印信，设库役十名。再次年，生药库复归礼部。到康熙三年（1664年）又定为，该库钱粮总归户部，库印缴还礼部。各省每年解送的药材并折色钱粮，均由户部收储付库。以后生药库又复归太医院管理。另一个与太医院有关的药库，是内务府下属的御药房。它是供应宫内食用药品的机构。除设有管理大臣等职官外，还有配制药品的“苏拉医生”四十四人。其所需药材，均是按定例给价，令药商采办。再由太医院医官前往验视，择其中佳品，以生药交进，由御药房医生切造炮制备用。
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太医院还曾在清初从事过施舍药品的活动。清统治者曾于顺治十一年（1654年）在北京景山东门外建造药房三间；康熙二十年（1681年）又在北京五城地方设厂十五处；次年又设东西南北四厂；皆发帑金令太医院向百姓施药。此举一方面是有所惠济满汉军民人等，另一方面也是为统治阶级粉饰太平笼络人心。
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清宫太医院自设立至清王朝灭亡，历经二百七十余年。在这漫长的岁月中，历代医官在统治者因极不信任而采取的各种监视防范措施之下，如履薄冰般地为皇室提供医疗服务，其中种种艰辛可谓苦不堪言。他们在长期的医疗实践中所形成的医疗档案，是饱含其精湛医术的历史记录，可以极大地丰富祖国传统医学的宝库。同时，这些档案也为研究一些历史疑难问题，提供了直接的证据。笔者即曾见，对于流传颇多，莫衷一是的同治皇帝死因，历史档案工作者依据清宫医疗档案中《万岁爷天花喜进药用药底簿》，从其所载同治帝自患病到去世期间的脉案和用药xx，证明了他是患天花无法救治而去世的，从而澄清了这一疑案。
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说明：写作此文依据的是《光绪会典》、《光绪会典事例》、《清史稿》、《清代档案史料丛编第7辑》
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