概括起来主要有三种：化学合成法、微生物发酵法、核酸酶解法。
化学合成法：
化学法生产核苷酸，主要是利用核苷进行磷酸酯化反应。一般常用的核苷磷酸化试剂主要是磷酸或者焦磷酸的活性衍生物，而工业上广泛采用的是三氯氧化磷。化学法所涉及的原料昂贵，且采用毒性较大的合成原料，工艺要求高，对环境污染严重，生产成本偏高。因此化学合成法一般用于生产一些有特殊用途的核苷酸的衍生物。
微生物发酵法：
发酵法生产核苷酸，主要是利用微生物菌株的生物合成途径来生产核苷酸。利用微生物发酵法生产核苷酸，虽然生产的效率较高，但要使微生物能够过量生产核苷或者核苷酸就必须掌握它们的代谢途径和调节机理，才能获得高产菌株。对于核苷和碱基这样的物质，比较容易透过微生物细胞。但是核苷酸是一种糖基磷酸酯，即核苷的磷酸酯，难于透过细胞膜，因此增加了菌体发酵生产核苷酸的难度。另外，由于菌株的回复突变问题和产物在菌体中积累等问题，以及在发酵生产过程中，对培养基的组成和添加物质等均有特定的要求，再加上建厂投资大，产品种类单一，故xx于生产极个别产品。目前利用直接发酵法生产核苷酸仅适于生产5‘-肌苷酸和5‘-鸟苷酸。
核酸酶解法：
酶解法是利用核酸酶P1对核酸的特定作用，把核酸水解为5‘-单核苷酸。是生产核苷酸技术中最成熟的方法。酶解法生产核苷酸的酶多为5‘-磷酸二酯酶。目前获得核酸酶P1的途 径有两种，一种是植物体中浸提，另一种是桔青霉发酵。通常是从桔青霉发酵液中分离得到核酸酶P1，自然界中也存在很多与核酸酶P1类似性质的酶，他们都能作用于核酸得到5‘-单核苷酸，具有底物构象的特异性。利用改进后的酶法生产核苷酸，可以一次得到四种核苷酸的混合物，且酶反应收率高，产品纯度高，生产工艺简单、原料来源丰富、成本低廉适合工业化大规模生产核苷酸。
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