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不论个人或别的申请人名义，申请一个商标并没有注册费和申请费的说法，按规定商标申请注册的官方费用只有一个，您问题中所指出的申请费用和注册费用都是同一概念，为1000元。
如果委托代理机构则另外要交纳给代理机构不等的代理费用，如果商标被驳回，因为代理机构和商标局所的工作性质和发生阶段的差异，代理费用通常是不会被退还的，按您的理解申请人要损失的资金其实就是代理费用。
商标申请递交商标局之后，如果商标局做出的决定是不受理，则会退还1000元的官费；如果商标局做出的决定，则下发受理通知书并扣取1000元的官费并进入商标的实质审查，这之后由于各种原因注册不成功的，已经扣取的费用不予退还。

商标局查询: 中文:120元/类 英文:150元/类 图形:350元/类/标 [自愿原则]
注册申请费用:国内2000元/类/标 国外3500元/类/标

国内企业（个人）申请注册中国商标，请提供以下文件：
1、 申请人身份证明文件
（1）企业申请：提供营业执照复印件
（2）个人申请：提供身份证复印件，个体工商户营业执照复印件（经营者需是本人），提出商标注册申请的商品和服务范围，应以其在营业执照或有关登记文件核准的经营范围为限。
（3）提供国内联系人的姓名、联系电话、联系地址

2、 提供商标图样，普通颜色组合的商标，本人建议以黑白颜色申请注册。黑白颜色申请注册的商标，以后可以使用任何颜色。

3、 根据我国商标法规定，商标注册申请只能够在该商标所申请注册的“商标类别”里挑选10种产品项目,如超过10种，按人民币150元/种收费。

4、 申请人提供以上文件后，代理公司将收取商标查询费，代理公司将商标上报国家商标局进行查询，如国家商标局查询通过，代理公司商标可以注册，代理公司将准备相关的商标注册申请文件，申请人签字（盖章）后，即可以提出申请注册，代理公司将收取商标注册费。

5、填写商标《商标注册申请书》、《商标代理委托书》后，在《商标注册申请书》的左下方“申请人截章（签字）”处加盖企业公章，在《商标代理委托书》的右下方“（章截）”处加盖企业公章。

注册流程：
1、 十五日内领取代理公司《商标通知受理书》和xx。
2、 一个月左右领取国家商标局《商标通知受理书》，可以在中国商标网查询到代理公司申请的商标资料。
3、 两年左右下发《商标公告》。
4、 两年半下发《商标注册证》。
5、 十年有效。

费用：
商标局查询: 中文:120元/类/标； 英文:150元/类/标；图形:350元/类/标
（备注：代理公司内部商标查询系统只能查询商标局以公开的商标档案，商标局没有对外公开最近五个月申请的商标，故代理公司内部商标查询系统无法查询，如申请人需要查询这一阶段申请的商标档案，需上报商标局查询，商标局将收取以上相对应的商标查询费）
注册申请费用:国内身份2000元/类/标