（一）检查对象

　　本项税收专项检查涉及营利性医疗机构和营利性教育培训机构。根据国税发〔2006〕129号的相关规定，非营利性组织必须履行非营利性组织法人登记，不以营利为目的，从事公益性服务活动，机构的财产及其收益不得用于分配，机构注销后的剩余财产应当用于公益目的，投入人对投入的财产不保留或不享有任何财产权利，工作人员及其管理人员的报酬应控制在当地平均水平的一定幅度内，不得变相分配机构的财产。因此，凡不符合上述要求的医疗、教育、培训机构，即视为营利性组织，均属于本项税收专项检查的检查对象。
　　其中，营利性医疗机构是指：由卫生行政主管部门按照《中华人民共和国医疗机构管理条例》核定，并在其执业登记中注明“营利性医疗机构”的医疗机构。本项检查除个人所得税专项检查外，不涉及非营利性医疗机构、疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构。前述医疗机构具体包括：各级各类医院、门诊部（所）、社区卫生服务中心（站）、急救中心（站）、城乡卫生院、护理院（所）、疗养院、临床检验中心等。前述疾病控制、妇幼保健等卫生机构具体包括：各级政府及有关部门举办的卫生防疫站（疾病控制中心）、各种专科疾病防治站（所），各级政府举办的妇幼保健所（站）、母婴保健机构、儿童保健机构等，各级政府举办的血站（血液中心）。
　　（二）检查年度
　　一般检查2007年至2008年两个年度的税款缴纳情况，有涉及税收违法行为的，应追溯到以前年度。
　　（三）检查内容
　　1．营利性医疗机构
　　（1）税收优惠项目的检查。一是有无擅自改动执业登记日期。二是自其取得执业登记之日起满3年后，是否及时恢复申报各项税收。特别是其自制自用的制剂是否恢复申报缴纳增值税，其医疗服务收入是否申报缴纳营业税。三是税收优惠期内，有无擅自扩大优惠范围，如将关联的药品零售企业的房产、土地、车船等并入医疗机构名下享受税收优惠。四是有无擅自将个人所得税并入优惠范畴。五是是否将税收优惠收入直接用于改善医疗卫生条件。六是同一执业人有无在优惠期满之际，注销原有的营利性医疗机构，而代之以新的营利性医疗机构。
　　（2）关联企业的检查。主要是对营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业进行延伸检查，检查其有无将药品零售并入医疗卫生收入偷逃税款。
　　2．营利性教育培训机构
　　（1）应税收入完整性的检查。一是教育培训收入是否足额申报缴纳营业税和企业所得税（其中，营业税申报缴纳按财税〔2004〕39号和财税〔2006〕3号文件执行），有无将教育培训收入分解到个人储蓄存款账户而少计应税收入的行为。二是教育培训过程中，销售给受训学员的书本、教具、资料等货物是否按规定申报缴纳增值税或营业税，是否按混合销售收入申报缴纳营业税、企业所得税。三是通过突击检查等方式核实其有无账外经营行为。
　　（2）成本费用真实性、合法性的检查。一是要结合行业特点，针对会计处理与现行税法规定不一致的项目在纳税申报时是否予以调整，重点检查各项管理费、业务招待费、租赁费、工资及相关费用、财产损失等项目。二是有无列支与其经营无关的支出。三是是否列支税款滞纳金、行政性罚款等不允许税前扣除的项目。四是固定资产折旧是否符合相关规定，有无擅自缩短固定资产折旧年限、无形资产（如教育品牌使用费）使用年限加大当期折旧额、摊销额的情况。五是有无将以前年度亏损的期间费用以递延资产的形式在纳税年度内列支。六是有无负担关联企业的融资利息支出。
　　3. 个人所得税的检查
        一是个人在医疗机构（包括营利性医疗机构和非营利性医疗机构，下同）任职而取得的所得，是否一并申报纳税。

        二是医生或其他个人承包、承租经营医疗机构，经营成果归承包人所有的，依据个人所得税法规定，承包人取得的所得，是否按照“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”应税项目计征个人所得税。

        三是个人投资或个人合伙投资开设医院（诊所）而取得的收入，是否依据个人所得税法规定，按照“个体工商户的生产、经营所得”应税项目足额申报缴纳个人所得税。

        四是医生接受点名费、药品回扣等收入是否一并申报纳税。

        五是各项工资、津贴、奖金等报酬，尤其是业务提成收入是否一并申报纳税。重点检查扣缴义务人是否按规定全员全额地履行了代扣代缴义务。

        六是有无将应属个人的工资薪金劳务报酬等收入通过xx报销部分费用的方式偷逃个税。

        七是医疗机构科室承包管理取得的收入是否并入当月工资薪金全额征税。

        八是年所得达到12万元以上是否自行申报个人所得税。

        九是教育培训机构的投资人是否按规定纳税；教育培训机构是否履行全员全额扣缴义务，及时足额扣缴其聘任人员的个人所得税。