企业在预收货款登记管理系统中的正确操作流程是如下：
1. 企业签定含预收款的出口贸易合同后在预收货款登记管理系统中做合同登记，系统自动为该合同生成合同序列号；
2. 企业收汇并做国际收支申报后，如果该收汇中含预收金额，在预收货款登记管理系统中做提款登记，系统自动为该笔提款登记生成提款登记序号；
3. 系统于每天夜里为企业新登记的提款登记自动确认预收可结汇额度，并将确认的额度传送至海关电子口岸联网核查系统。企业在登记后第二天可携海关的IC卡到银行依据IC卡中的预收可结汇额度办理结汇。
4.如果因企业在系统中的预收可用额度不足（登记时的预收可用额度＝控制规模－登记余额）导致新登记的提款登记中的预收金额没有被全部确认，可等系统有足够可用额度后（企业做注销登记后会恢复与注销金额相等的额度）系统自动确认预收可结汇额度或到当地外汇局为待确认的提款登记做额度确认。
5. 企业出口结关后，如果已经在系统做了提款登记了，应严格按照预收货款登记管理政策的规定在系统中做有关单注销登记，不论是否已在预收项下结过汇都切勿再从贸易项下为该出口结汇。
6．如果企业的出口贸易没有关单或发生退汇，可做无关单注销并联系当地外汇局做审核操作。
提款登记时，“收汇金额”的填写：
“收汇金额”应该填写收汇水单上的总收汇金额。
企业做提款登记且登记金额在额度内，多久后预收金额可显示到海关电子口岸IC卡上：
如果IC卡初始值待扣还余额为0，在企业有可用额度的情况下企业做提款登记的第二天或外汇局为企业的提款登记做人工确认的第二天，预收金额可显示到海关电子口岸IC卡上。如果IC卡初始值待扣还余额已经为0的情况下，第二天IC卡仍无预收额度增加，可发邮件至技术支持邮箱寻求帮助或咨询海关电子口岸。