目前，以美国、日本、欧盟等国为代表的政府、社会团体、生物公司等对转基因生物和食品的安全性争论不休，各执已见。同时也制定了相应的严格的管理办法。转基因食品安全性争论已从技术问题上升为贸易和政治问题。
迄今为止，国际都尚未肯定转基因食品的安全性，转基因生物在遗传及技术上的不稳定性带来的潜在危害不容忽视，对生态的影响、防止转基因植物与野生种、杂草间通花粉传播产生基因转移还需更周密有效地控制。大部分已商业化的作物缺乏遗传稳定性资料。要大力开展转基因生物和食品的毒性、过敏性分析，加快转基因生物和食品的鉴别检测方法的研究，建立“转基因生物安全监测”制度，制定科学的管理法规，进行有效地监管，广泛开展转基因生物的科学宣传，正确的舆论导向。
转基因食品的安全性问题
- ● 转基因作物可能本身成为杂草
- ● 转基因作物的亲缘野生种成为杂草或超级杂草
- ● 转基因作物可能产生新的病毒疾病
- ● 转基因作物对非目标生物的危害
- ● 破坏生物多样性
- ● 转基因作物对生态系统及生态过程的影响
- ● 其他一些不可预计的风险
- ● 转基因生物所引入的外源基因往往可以表达出蛋白质，可能会引起生物的代谢发生变化，造成该生物营养成分的改变。
- ● 转基因生物成分的改变，特别是有毒物质、抗营养因子、过敏原等的含量发生变化，将影响该生物作为食品的安全性
- 转基因食品对人体可能会造成的危害
- ● 转基因作物中的毒素可引起人类急、慢性中毒或产生致癌、致畸、致突变作用
- ● 作物中的免役或致敏物质可使人类机体产生变态或过敏反应。
- ● 转基因食品中的主要营养成分、微量营养素及抗营养因子的变化，会降低食品的营养价值，使其营养结构失衡
1998年，美国媒体报道了对英国罗伊特研究所普斯陶教授的专访，他警告人们关注未充分证明其安全性就已经推广的转基因食品，经过试验：用转基因土豆喂老鼠后，老鼠发生器官生长异常，体重和器官重量减轻，并且免疫系统遭到破坏。
转基因食品的安全性一直存在着巨大的争议，它的存在也只有短短10多年的时间，许多长期影响目前还不得而知，食用转基因食品就如把自己当作白老鼠，有不可预测的风险。因此，对转基因食品应采取预防原则，在长期的安全性还没有xx确定之前，不应该在食品生产中使用转基因原料。
对于转基因食品最主要的关注就集中在转基因食品的毒性危险问题上。在毒理学上，我们需要关注转基因食品是否有免疫毒性、神经毒性、致癌性或者繁殖毒性等方面。
在美国，更多的作物使用了转基因技术，作物的产量都有提高。每年中国都要进口一定数量的美国转基因大豆。这与每个人的利益有关。可是，转基因大豆在美国生产的最多，美国人却不吃．美国的80%面积的转基因大豆，都用作饲料。这是什么原因？为什么美国还有20%的非转基因大豆生产？20%与80%的区别在哪里？其实，在人们还不能xx了解一项新技术的同时，难免会有疑虑。这也是正常现象。关键问题在于，新技术的运用有没有副作用？
长期以来，遗传工程一直被“神化”，宣扬为农业发展的新革命，而对它的负面危害却很少谈及。特别是各国政府的高层决策者很难听到转基因生物有什么危害。
目前，墨西哥禁止种植转基因玉米；欧盟暂缓进口转基因食品；日本、澳大利亚、新西兰等国家都要求在转基因食品上明确贴上标签，说明转基因成分的含量；英国的许多大超市禁止使用转基因生物作为原料生产食品。欧美之间因"基因瓜果"导致贸易磨擦，原因是欧洲人不愿意吃美国人生产的"基因瓜果"。又后来，美国的一些"有识之士"提出，"基因瓜果"在销售时必须要有标识。新千年开始的3月26日，美国波士顿反基因改造食品大示威，3500人趁“生物2000年”大会举行之际，抗议食品制造商未对基因改造食品进行试验，也没有为消费者提供足够的相关信息。国内已有知情人士忧心忡忡地指出，“转基因食品的研究表明，耐除草剂的转基因大豆，xx成份也减少了，抗虫转基因玉米在提高害虫死亡率的同时也影响着益虫的成熟，小动物吃了转基因土豆会使内脏和免疫系统受损，那人呢……”。欧洲人正是因为转基因食物可能对人体有害而禁止在欧洲销售．
已经发现一种基因工程大豆会引起严重的过敏反应；用基因工程xx生产的食品添加剂色氨酸曾导致37人死亡和1500多人残废。最近发现，在美国许多超级市场中的牛奶中含有在牧场中施用过的基因工程的牛生长xx。一xx的基因工程公司生产的西红柿耐储藏、便于运输，但它们含有对抗xxx的抗药基因，这些基因可以存留在人体内。人造的特性和不可避免的不xx会一代一代的流传下去，影响其它有关及无关的生物,它们将永远无法被收回或控制, 后果是目前无法估计的。我国食品安全专家叶永茂对此也提出了自己的观点：“转基因食品在理论上至少存在5大潜在危险：产生毒素，引起人类致癌致畸或基因突变，导致人体产生过敏反应，引起食物营养结构失衡，使人体产生抗药性，使自然和生态环境失衡，现在欧洲许多国家因此xx转基因食品上市。”
