作为科技工作者之家及科协工作的基础，上海科学技术协会下属的近190家学会、协会、研究会及17个区县科协，长期以来在促进科技创新、服务经济社会发展、承接政府转移的社会管理事务和公共服务项目方面做出了重要的贡献。近年来部分学会 、协会和区县科协在上海市青少年科技创新大赛（以下简称“大赛”）中设立学术团体专项奖，依托其专家和学术平台资源，支持和鼓励青少年在相关学科领域的研究。
这些奖项以自身学科为出发点，兼具学科深度与广度，以其独特的评审视角，充分展现了各学术团体的学科特色。例如，上海市化学化工学会及上海市船舶与海洋工程学会，分别设立“化学化工奖”及“郑和奖”，聚焦化学学科及海洋领域的跨学科项目。上海市植物生理与植物分子生物学学会针对植物学优秀项目，颁发“上海市生命与自然科技创新奖”，以培养青少年对于植物科学世界的探索精神。此外，上海市科学技术普及志愿者协会、松江区科学技术协会以及上海市虹口区科学技术协会则将在所有参赛学科作品中寻找符合自己评审标准的获奖项目。
上海市化学化工学会
“化学化工奖”5个 奖金总额1万
上海市化学化工学会是有近91年建会历史的群众性学术科技社团组织，现有会员6500名，其中科学院院士和工程院院士29余人。学会共有19个专业委员会，根据学会章程组织开展学术交流、普及化学化工知识、编辑出版刊物“化学世界”以及四技服务和培养推荐化学化工人才等活动。学会自有会所作为活动场所，是上海会员最多、历史最久的学会之一。
自本市组织上海市青少年科技创新大赛开始，学会就积极参与，组织专家指导、评审创新大赛化学化工课题，并自2005年第20届上海市青少年科技创新大赛起，根据科协青少年创新大赛的统一组织，本学会设立了化学化工专项奖。该奖项的设立，获得了社会的广泛好评；为本学会可持续发展，举荐和奖励青少年化学化工人才搭建了平台。
长期以来，学会坚持有思路才有出路，有作为才有地位的指导思想和理念，在历届理事会和广大会员的共同努力下，学会先后获得上海市科协“三星级学会”、“上海市先进民间组织”、“上海市先进社会组织”和中国科协省级学会“学会之星”十连冠等荣誉称号。2014年9月，学会荣获上海市科协“五星级学会”荣誉称号。
上海市船舶与海洋工程学会
“郑和奖”10个 奖金总额1万
上海市船舶与海洋工程学会（原上海市造船工程学会）成立于1951年，现有个人会员5000多人，团体会员70个。学会的主要工作为船舶与海洋工程及其设备的学术技术交流和展示、科普、编辑出版和科技咨询。
学会在市科协领导下，按照“为经济社会发展服务、为提高全民科学素质服务、为科技工作者服务，加强自身建设”的工作定位，坚持贯彻执行党的方针路线政策，以学立会，以会员为本，抓机遇，促发展，为我国船舶与海洋工程产业实现做大做强战略目标做出了不懈努力，学会的综合实力和服务社会的能力显著提升，已成为国内外xx的学会之一。
学会2004年被国家民政部评为“全国先进民间组织”；2006年被国家人事部和中国科协评为“全国科协系统先进集体”；被中国科协学术部和《学会》杂志社授予1990~ 2002和1995~2006“学会之星十联冠”。1994年以来，学会连续被上海市科协评为“三星级学会”。2014年学会被上海市科协评为第一批“五星级学会”。同时，在上海市民政局和上海市社团局组织的社会组织规范化建设评估中荣获“5A级社会团体”称号。
学会每年以全国科技活动周和上海科技节为主线，组织安排丰富多彩的各种科普活动，吸引众多青少年参加。
上海市植物生理与植物分子生物学学会
“上海市生命与自然科技创新奖”10个
奖金总额1万
上海市植物生理与植物分子生物学学会，原上海市植物生理学会（2014年9月更为现名），成立于1979年，是由上海市植物生物学工作者自愿组成的学术性的非营利性社会组织。现有个人会员800余人。学会的业务范围是：开展学术交流、促进教学创新、推动科学普及、提供业务咨询。目前已建立上海市植物生物学青年学术研讨会、植物代谢国际会议等品牌学术交流活动。同时学会加强产学研服务平台的建设，为产业发展贡献力量。
为培养青少年对于植物科学世界的探索精神，学会自2007年起，每年参加上海市青少年科技创新大赛，设立“上海市生命与自然科技创新奖”，并两次获得组委会颁发的“青少年科技教育杰出贡献奖”。
上海市科学技术普及志愿者协会
“创新精神奖”10个 奖金总额1万
上海市科学技术普及志愿者协会成立于2003年6月，是由中国科学院叶叔华院士和一批社会知名人士共同发起的xxxx个省级科普志愿者的社团组织，是上海科技、教育、医学、新闻、企业等社会各界有志于科学技术普及事业的人士自愿组成的学术性、公益性、非营利性社会团体。
目前，协会拥有近30位两院院士，上海市各学会、协会、研究会和科研院所专家、教授及科技工作者，中小学教师，在校大中学生以及社区街道科普工作者共计上万名，其中自然科学领域专家比例占总人数的50%以上。为了共享上海的科普教育资源，协会还面向上海各学校及企业团体招募团体会员，赢得了社会各界的广泛关注。目前，已建立上海市科普志愿者网（ www.skpzyz.org），为上海市科普志愿者开展活动、相互交流及对外宣传开创了一个重要平台。
松江区科学技术协会
“云间科技创新奖”10个 奖金总额1万
松江区科学技术协会与松江区科学技术委员会合署办公，两块牌子一套班子领导工作体制。区科协是本区科技工作者的群众组织，是中共松江区委员会领导下的人民团体，是党和政府联系科技工作者的桥梁和纽带，是推动科学技术事业发展的重要社会力量。
松江区科协贯彻国家科学技术工作“自主创新、重点跨越、支撑发展、xx未来”的指导方针和市科学技术工作方针政策，执行区委、区政府关于科学技术工作的具体部署，准确把握“创新驱动、转型发展”主线，切实履行科协“三服务一加强”工作职能，遵循“联络、协调、指导、服务”的工作原则。
松江区科协依照《科普法》和《纲要》，普及科学技术知识，倡导科学方法，传播科学思想，弘扬科学精神，捍卫科学尊严，推广先进技术，积极举荐科学技术人才，弘扬尊重劳动、尊重知识、尊重人才、尊重创造的风尚，开展青少年科学技术教育活动，提高公民科学素质。
松江区两次成功创建“全国科普示范区”，连续三次通过“全国科技进步考核”，并荣获“全国科技进步考核先进区”称号。
上海市虹口区科学技术协会
“创意虹口奖”10个 奖金总额1万
上海市虹口区科学技术协会是中共虹口区委领导下的人民团体，是党和政府联系科技工作者的桥梁和纽带，是虹口区发展科学技术事业的重要社会力量。
近年来，虹口区科协积极贯彻党和国家的科技发展战略和工作方针，充分发挥科技社团的优势和广大科技工作者的主动性、积极性、创造性，认真落实《中华人民共和国科学技术普及法》和《全民科学素质行动计划纲要》明确的各项任务，积极推近科普基础设施建设，加强科普资源的共建共享，搭建科普合作交流平台，强化科普示范效应，多次获得先进单位称号。
虹口区科协十分重视青少年科学教育工作，把向青少年普及科技知识、激发青少年创造热情、开展青少年创新活动，作为推进本区全民科学素质建设的一项重要内容。
历年来，虹口区科协积极参与上海市青少年科技创新大赛，以“树立创新精神、增强实践能力”为理念，着力建设青少年科学教育的教师队伍，鼓励和推动青少年优秀科技人才的不断涌现，积极营造“爱科学、学科学、用科学”的良好的氛围。