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化肥和农药的大量应用对于人类而言利弊并存，为兴利除弊，科学家提出了“生态农业”，逐步实现在农田里少使用或不使用化肥和化学杀虫剂，而使用有机生物肥料和采用微生物方法防病虫害。生物肥料在中国生产，经历了几起几落的发展过程，但从总体速度来看是较慢的。20世纪50年大力推广应用大豆、绿肥根际固氮菌。当时全国各地差不多每个县都有菌肥厂。
许多企业采用敞口设备生产，或虽有标准发酵罐但无空气过滤器，都不可能生产合格产品。吸附微生物的载体持水性差、载体偏酸偏碱、载体xx不xx和载体中的微量元素过高（主要企业在生产过程中加的）。光合菌肥料光合菌肥料发展很快，主要用于畜禽饲养和水产养殖，也可以用于农作物拌种和叶面喷施。复合微生物肥料复合微生物肥料是20世纪90年的新产品。
抑制土传病害。生物肥能促进作物根际有益。微生物的增殖，改善作物根际生态环境。有益微生物和抗病因子的增加，还可明显地降低土传病害的侵染，降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。1、生物肥料生产企业发展过快过多，但多数是小规模企业，作坊式生产，设备工艺落后，职工素质不高，因此生物肥料产品质量参差不齐，产品中的成分构成不科学。