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抑制土传病害。生物肥能促进作物根际有益。微生物的增殖，改善作物根际生态环境。有益微生物和抗病因子的增加，还可明显地降低土传病害的侵染，降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。1、生物肥料生产企业发展过快过多，但多数是小规模企业，作坊式生产，设备工艺落后，职工素质不高，因此生物肥料产品质量参差不齐，产品中的成分构成不科学。
微生物肥料施入土壤后，放线菌的次生谢产物，如抗生类物质、氰物等可以抑制土著病原菌对植物根部的侵染。某些xx孢菌产生的次生谢产物如铁载体、xx孢菌素或是抑制了有害微生物的种群数量或是可以诱导植物产生抗性，激防卫机制，减少或降低病害的发生。坑害农民，鼓励人们举报伪劣假冒产品，让农民群众来监督，对生物肥料的发展是至关重要的。适当改变现有的化肥流通体系，加快生物肥料的流通速度，使其在活性高的状态下销售到农民手中，以取得佳的施用效果。
刺激效应 微生物肥料的使用，促进了刺即植物生长类的产生，调节、促进作物的生长发育。硅酸盐菌剂可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生；固氮菌剂分泌维生素B1、维生素B2、维生素B12和已酸生长素等，这些生对于作物的生长发育有一定的调节和促进作用。是通过微生物生命活动，使农作物得到特定的肥料效应的制品，也被称之为接种剂或菌肥，它本身不含营养元素，不能替化肥。广义地生物肥料是既含有作物所需的营养元素，又含有微生物的制品，是生物、有机、无机的结合体它可以替化肥，提供农作物生长发育所需的各类营养元素。