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与酶蛋白以共价键相连的称为http://sxqinkun.cn.qiyeku.com（prosthetic group），用透析或超滤等方法不能使它们与酶蛋白分开；反之两者以非共价键相连的称为辅酶（coenzyme），可用上述方法把两者分开。辅助因子有两大类，一类是金属离子，且常为辅基，起传递电子的作用；另一类是小分子有机化合物，主要起传递氢原子、电子或某些化学基团的作用。

结合酶中的金属离子有多方面功能，它们可能是酶活性中心的组成成分；有的可能在稳定酶分子的构象上起作用；有的可能作为桥梁使酶与底物相连接。辅酶与辅基在http://sxqinkun.cn.qiyeku.com中作为氢（H+和e）或某些化学基团的载体，起传递氢或化学基团的作用。体内酶的种类很多，但http://sxqinkun.cn.qiyeku.com种类并不多，常见到几种酶均用某种相同的金属离子作为辅助因子的例子，同样的情况亦见于辅酶与辅基，如3-磷酸http://sxqinkun.cn.qiyeku.com脱氢酶和http://sxqinkun.cn.qiyeku.com均以NAD+作为辅酶。酶催化反应的http://sxqinkun.cn.qiyeku.com决定于酶蛋白部分，而辅酶与辅基的作用是参与具体的反应过程中氢（H+和e）及一些特殊化学基团的运载。

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酶属http://sxqinkun.cn.qiyeku.com，分子质量至少在1万以上，大的可达百万。酶的催化作用有赖于酶分子的http://sxqinkun.cn.qiyeku.com及空间结构的完整。若酶分子变性或亚基http://sxqinkun.cn.qiyeku.com均可导致酶活性丧失。一个值得注意的问题是酶所催化的反应物即底物（substrate），却大多为小分物质它们的分子质量比酶要小几个数量级。

酶的活性中心（active center）只是酶分子中的很小部分，酶蛋白的大部分氨基酸残基并不与底物接触。组成酶活性中心的氨基酸残基的侧链存在不同的功能基团，如-NH2。-COOH、-SH、-OH和http://sxqinkun.cn.qiyeku.com等，它们来自酶分子多肽链的不同部位。有的基团在与底物结合时起结合基团（binding group）的作用，有的在催化反应中起http://sxqinkun.cn.qiyeku.com（catalytic group）的作用。但有的基团既在结合中起作用，又在催化中起作用，所以常将活性部位的功能基团统称为必需基团（essential group）。它们通过多肽链的盘曲折叠，组成一个在酶分子表面、具有三维空间结构的孔穴或裂隙，以容纳进入的底物与之结合并催化底物转变为产物，这个区域即称为酶的http://sxqinkun.cn.qiyeku.com。

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而酶活性中心以外的功能集团则在形成并维持酶的空间构象上也是必需的，故称为活性中心以外的必需基团。对需要辅助因子的酶来说，辅助因子也是活性中心的组成部分。酶催化反应的http://sxqinkun.cn.qiyeku.com实际上决定于酶活性中心的结合基团、催化基团及其空间结构。