可以说体视显微镜的应用最广泛,如工业上线路板观察、农业上农作物观察、水产养殖业上鱼苗观察等等，都是很常见的。而今天这里所要讲述的主要是体视显微镜如何在植物药鉴定中应用。
显微鉴定是利用显微技术对植物药进行显微分析，以确定其品种和质量的一种鉴定方法。植物类重要的显微鉴定原理，即运用植物形态学和解剖学等方面知识，结合显微鉴定技术，通过观察和测试其细胞、组织或内含物的特征，进行植物药的品质鉴定。
这种显微摄影功能的数码体视显微镜用于中药材的真伪性及道地性判别。数码成像系统使于判别过程高通量、高准确性。下面是体视显微镜实拍到的植物药颗粒。
植物药的内部组织构造、细胞形态、内含物特征等，在不同的种群中是不同的，而在相同种群中则是一定的、固有的、比较稳定的，它不受上述外界因素的影响，因此常作为植物分类的依据。例如在植物解剖学上，常利用植物中柱的演化来判断维管束植物的亲缘关系。木质部的构造，导管的有无是区别被子植物及裸子植物的分界线，xx粉末中的细胞形态、大小，所含内含物的种类、特征等可以用来区别不同的品种。该项技术可用来鉴定所用药材的真伪。