未来，我国生物燃料产业发展将面临以下4大挑战：
（1）原料资源基础仍然薄弱。实际剩余可用边际土地资源潜力不清，缺乏科学评价和规划；原料植物的选育栽培和规模种植经营技术、产业和管理体系有待完善；原料资源来源多样、品质不一。
（2）技术产业发展水平不高。技术工艺水平较为落后；资源利用和环境保护水平不高；缺乏符合国内原料特点的整套技术工艺和装备；第二代
生物燃料技术离工业化生产还有较大差距；产业模式仍不成熟，有待于建立与“三农”和现代林业和谐发展的产业模式;可持续生产技术规范和模式尚未建立，仍有待于开展良种选育及混交林营建技术等研究，制定保障高能效、高减排的技术标准和规范。
（3）缺乏竞争力和抗风险能力。原料成本居高不下甚至还有所攀高；规模经济、范围经济和资源综合利用效益偏低；经济竞争力较弱，存在较大市场风险。
（4）扶持政策和市场环境不完善。非粮
生物燃料的市场准入和产品流通体系不通畅，无法进入车用成品油经销体系和终端消费市场；行业监管薄弱，存在社会、经济和自然生态风险；扶持价格和财税政策不完善；产品推广使用市场环境不健全，各项基础设施不完善，封闭区域强制使用制度影响跨地区车辆使用性能；指定企业在特定封闭区域销售影响公平竞争。